Protein–RNA interactions for Protein: Q5QNQ9

Col27a1, Collagen alpha-1(XXVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,845 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col27a1Q5QNQ9 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col27a1Q5QNQ9 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col27a1Q5QNQ9 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Col27a1Q5QNQ9 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col27a1Q5QNQ9 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col27a1Q5QNQ9 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col27a1Q5QNQ9 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
Col27a1Q5QNQ9 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Col27a1Q5QNQ9 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Col27a1Q5QNQ9 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col27a1Q5QNQ9 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 68.5 ms