Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Msx1P13297 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Msx1P13297 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Msx1P13297 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Msx1P13297 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Msx1P13297 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Msx1P13297 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Msx1P13297 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Msx1P13297 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Msx1P13297 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Msx1P13297 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Msx1P13297 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Msx1P13297 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Msx1P13297 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.3 ms