Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
Msx1P13297 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
Msx1P13297 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Msx1P13297 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
Msx1P13297 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.51■■■□□ 2.63
Msx1P13297 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
Msx1P13297 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
Msx1P13297 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
Msx1P13297 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
Msx1P13297 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
Msx1P13297 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
Msx1P13297 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
Msx1P13297 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
Msx1P13297 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Msx1P13297 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
Msx1P13297 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Msx1P13297 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
Msx1P13297 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Msx1P13297 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Msx1P13297 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Msx1P13297 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Msx1P13297 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Msx1P13297 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Msx1P13297 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Msx1P13297 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
Msx1P13297 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
Msx1P13297 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Msx1P13297 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Msx1P13297 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Msx1P13297 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Msx1P13297 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Msx1P13297 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Msx1P13297 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msx1P13297 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msx1P13297 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Msx1P13297 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Msx1P13297 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Msx1P13297 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Msx1P13297 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Msx1P13297 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Msx1P13297 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Msx1P13297 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Msx1P13297 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Msx1P13297 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Msx1P13297 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Msx1P13297 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Msx1P13297 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Msx1P13297 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Msx1P13297 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Msx1P13297 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Msx1P13297 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
Msx1P13297 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Msx1P13297 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Msx1P13297 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Msx1P13297 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Msx1P13297 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
Msx1P13297 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Msx1P13297 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
Msx1P13297 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
Msx1P13297 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Msx1P13297 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Msx1P13297 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Msx1P13297 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Msx1P13297 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Msx1P13297 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Msx1P13297 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
Msx1P13297 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Msx1P13297 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Msx1P13297 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Msx1P13297 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Msx1P13297 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Msx1P13297 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Msx1P13297 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Msx1P13297 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Msx1P13297 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Msx1P13297 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
Msx1P13297 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Msx1P13297 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Msx1P13297 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Msx1P13297 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Msx1P13297 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Msx1P13297 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Msx1P13297 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Msx1P13297 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Msx1P13297 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
Msx1P13297 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Msx1P13297 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Msx1P13297 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Msx1P13297 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Msx1P13297 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
Msx1P13297 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Msx1P13297 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Msx1P13297 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Msx1P13297 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Msx1P13297 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Msx1P13297 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Msx1P13297 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Msx1P13297 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
Msx1P13297 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Msx1P13297 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.7 ms