Protein–RNA interactions for Protein: Q99PF4

Cdh23, Cadherin-23, mousemouse

Predictions only

Length 3,354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cdh23Q99PF4 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Cdh23Q99PF4 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Cdh23Q99PF4 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Cdh23Q99PF4 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
Cdh23Q99PF4 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
Cdh23Q99PF4 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Cdh23Q99PF4 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
Cdh23Q99PF4 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Cdh23Q99PF4 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Cdh23Q99PF4 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Cdh23Q99PF4 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Cdh23Q99PF4 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Cdh23Q99PF4 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Cdh23Q99PF4 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Cdh23Q99PF4 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Cdh23Q99PF4 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Cdh23Q99PF4 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Cdh23Q99PF4 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Cdh23Q99PF4 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Cdh23Q99PF4 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Cdh23Q99PF4 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Cdh23Q99PF4 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Cdh23Q99PF4 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Cdh23Q99PF4 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Cdh23Q99PF4 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Cdh23Q99PF4 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Cdh23Q99PF4 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Cdh23Q99PF4 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Cdh23Q99PF4 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Cdh23Q99PF4 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Cdh23Q99PF4 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Cdh23Q99PF4 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Cdh23Q99PF4 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Cdh23Q99PF4 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Cdh23Q99PF4 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Cdh23Q99PF4 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Cdh23Q99PF4 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Cdh23Q99PF4 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Cdh23Q99PF4 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Cdh23Q99PF4 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Cdh23Q99PF4 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Cdh23Q99PF4 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
Cdh23Q99PF4 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Cdh23Q99PF4 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Cdh23Q99PF4 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Cdh23Q99PF4 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Cdh23Q99PF4 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
Cdh23Q99PF4 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
Cdh23Q99PF4 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Cdh23Q99PF4 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Cdh23Q99PF4 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Cdh23Q99PF4 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Cdh23Q99PF4 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Cdh23Q99PF4 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Cdh23Q99PF4 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Cdh23Q99PF4 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.6 ms