Protein–RNA interactions for Protein: Q5QNQ9

Col27a1, Collagen alpha-1(XXVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,845 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col27a1Q5QNQ9 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col27a1Q5QNQ9 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col27a1Q5QNQ9 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col27a1Q5QNQ9 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col27a1Q5QNQ9 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Col27a1Q5QNQ9 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col27a1Q5QNQ9 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col27a1Q5QNQ9 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col27a1Q5QNQ9 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col27a1Q5QNQ9 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col27a1Q5QNQ9 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col27a1Q5QNQ9 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col27a1Q5QNQ9 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col27a1Q5QNQ9 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col27a1Q5QNQ9 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col27a1Q5QNQ9 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col27a1Q5QNQ9 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col27a1Q5QNQ9 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Col27a1Q5QNQ9 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Col27a1Q5QNQ9 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col27a1Q5QNQ9 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col27a1Q5QNQ9 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col27a1Q5QNQ9 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col27a1Q5QNQ9 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col27a1Q5QNQ9 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col27a1Q5QNQ9 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col27a1Q5QNQ9 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col27a1Q5QNQ9 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col27a1Q5QNQ9 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Col27a1Q5QNQ9 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col27a1Q5QNQ9 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Col27a1Q5QNQ9 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col27a1Q5QNQ9 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col27a1Q5QNQ9 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
Col27a1Q5QNQ9 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col27a1Q5QNQ9 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col27a1Q5QNQ9 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col27a1Q5QNQ9 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col27a1Q5QNQ9 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col27a1Q5QNQ9 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Col27a1Q5QNQ9 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col27a1Q5QNQ9 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Col27a1Q5QNQ9 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col27a1Q5QNQ9 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col27a1Q5QNQ9 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Col27a1Q5QNQ9 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Col27a1Q5QNQ9 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Col27a1Q5QNQ9 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col27a1Q5QNQ9 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col27a1Q5QNQ9 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
Col27a1Q5QNQ9 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Col27a1Q5QNQ9 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col27a1Q5QNQ9 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Col27a1Q5QNQ9 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Col27a1Q5QNQ9 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Col27a1Q5QNQ9 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Col27a1Q5QNQ9 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col27a1Q5QNQ9 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Col27a1Q5QNQ9 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col27a1Q5QNQ9 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col27a1Q5QNQ9 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Col27a1Q5QNQ9 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms