Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
Col18a1P39061 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
Col18a1P39061 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.56■■■■□ 3.92
Col18a1P39061 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC39.55■■■■□ 3.92
Col18a1P39061 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC39.46■■■■□ 3.91
Col18a1P39061 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
Col18a1P39061 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
Col18a1P39061 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
Col18a1P39061 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC39.32■■■■□ 3.89
Col18a1P39061 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.32■■■■□ 3.89
Col18a1P39061 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC39.31■■■■□ 3.88
Col18a1P39061 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
Col18a1P39061 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
Col18a1P39061 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
Col18a1P39061 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
Col18a1P39061 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
Col18a1P39061 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC39.15■■■■□ 3.86
Col18a1P39061 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC39.11■■■■□ 3.85
Col18a1P39061 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
Col18a1P39061 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.84
Col18a1P39061 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
Col18a1P39061 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
Col18a1P39061 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
Col18a1P39061 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
Col18a1P39061 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC38.98■■■■□ 3.83
Col18a1P39061 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC38.95■■■■□ 3.83
Col18a1P39061 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
Col18a1P39061 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
Col18a1P39061 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC38.9■■■■□ 3.82
Col18a1P39061 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.82
Col18a1P39061 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC38.85■■■■□ 3.81
Col18a1P39061 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC38.8■■■■□ 3.8
Col18a1P39061 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.8■■■■□ 3.8
Col18a1P39061 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.78■■■■□ 3.8
Col18a1P39061 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.77■■■■□ 3.8
Col18a1P39061 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC38.75■■■■□ 3.79
Col18a1P39061 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC38.75■■■■□ 3.79
Col18a1P39061 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.72■■■■□ 3.79
Col18a1P39061 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.65■■■■□ 3.78
Col18a1P39061 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
Col18a1P39061 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC38.53■■■■□ 3.76
Col18a1P39061 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.51■■■■□ 3.76
Col18a1P39061 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC38.49■■■■□ 3.75
Col18a1P39061 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
Col18a1P39061 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.75
Col18a1P39061 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
Col18a1P39061 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
Col18a1P39061 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
Col18a1P39061 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC38.4■■■■□ 3.74
Col18a1P39061 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC38.39■■■■□ 3.74
Col18a1P39061 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.34■■■■□ 3.73
Col18a1P39061 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC38.34■■■■□ 3.73
Col18a1P39061 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Col18a1P39061 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC38.26■■■■□ 3.72
Col18a1P39061 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.72
Col18a1P39061 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.71
Col18a1P39061 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC38.25■■■■□ 3.71
Col18a1P39061 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC38.21■■■■□ 3.71
Col18a1P39061 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.2■■■■□ 3.71
Col18a1P39061 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.19■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC38.13■■■■□ 3.7
Col18a1P39061 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
Col18a1P39061 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
Col18a1P39061 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
Col18a1P39061 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
Col18a1P39061 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.68
Col18a1P39061 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
Col18a1P39061 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
Col18a1P39061 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC37.95■■■■□ 3.67
Col18a1P39061 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC37.91■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC37.88■■■■□ 3.66
Col18a1P39061 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
Col18a1P39061 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
Col18a1P39061 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
Col18a1P39061 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
Col18a1P39061 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
Col18a1P39061 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
Col18a1P39061 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
Col18a1P39061 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
Col18a1P39061 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
Col18a1P39061 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
Col18a1P39061 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Col18a1P39061 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Col18a1P39061 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
Col18a1P39061 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
Col18a1P39061 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
Col18a1P39061 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Col18a1P39061 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
Col18a1P39061 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
Col18a1P39061 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms