Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC56.02■■■■■ 6.56
Col18a1P39061 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC52.29■■■■■ 5.96
Col18a1P39061 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.14■■■■■ 5.78
Col18a1P39061 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC49.1■■■■■ 5.45
Col18a1P39061 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC48.21■■■■■ 5.31
Col18a1P39061 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.42■■■■■ 5.18
Col18a1P39061 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC47.24■■■■■ 5.15
Col18a1P39061 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.11■■■■■ 5.13
Col18a1P39061 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC47.09■■■■■ 5.13
Col18a1P39061 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.95■■■■■ 5.11
Col18a1P39061 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC46.6■■■■■ 5.05
Col18a1P39061 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC45.94■■■■■ 4.94
Col18a1P39061 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.45■■■■■ 4.87
Col18a1P39061 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC45.43■■■■■ 4.86
Col18a1P39061 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC45.41■■■■■ 4.86
Col18a1P39061 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.19■■■■■ 4.82
Col18a1P39061 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.94■■■■■ 4.78
Col18a1P39061 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.74■■■■■ 4.75
Col18a1P39061 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.5■■■■■ 4.71
Col18a1P39061 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC44.48■■■■■ 4.71
Col18a1P39061 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC44.47■■■■■ 4.71
Col18a1P39061 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC44.47■■■■■ 4.71
Col18a1P39061 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.65■■■■■ 4.58
Col18a1P39061 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.62■■■■■ 4.57
Col18a1P39061 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
Col18a1P39061 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.38■■■■■ 4.53
Col18a1P39061 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.33■■■■■ 4.53
Col18a1P39061 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.27■■■■■ 4.52
Col18a1P39061 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.01■■■■■ 4.48
Col18a1P39061 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC42.93■■■■■ 4.46
Col18a1P39061 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC42.84■■■■■ 4.45
Col18a1P39061 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
Col18a1P39061 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC42.81■■■■■ 4.44
Col18a1P39061 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC42.73■■■■■ 4.43
Col18a1P39061 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
Col18a1P39061 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
Col18a1P39061 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC42.42■■■■■ 4.38
Col18a1P39061 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC42.31■■■■■ 4.36
Col18a1P39061 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
Col18a1P39061 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC42.28■■■■■ 4.36
Col18a1P39061 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.28■■■■■ 4.36
Col18a1P39061 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC42.24■■■■■ 4.35
Col18a1P39061 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Col18a1P39061 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.18■■■■■ 4.34
Col18a1P39061 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
Col18a1P39061 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC42.11■■■■■ 4.33
Col18a1P39061 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.11■■■■■ 4.33
Col18a1P39061 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC42.11■■■■■ 4.33
Col18a1P39061 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC41.93■■■■■ 4.3
Col18a1P39061 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC41.81■■■■■ 4.28
Col18a1P39061 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
Col18a1P39061 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC41.73■■■■■ 4.27
Col18a1P39061 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
Col18a1P39061 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
Col18a1P39061 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
Col18a1P39061 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.51■■■■■ 4.24
Col18a1P39061 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC41.45■■■■■ 4.23
Col18a1P39061 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
Col18a1P39061 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.19■■■■■ 4.18
Col18a1P39061 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC41.15■■■■■ 4.18
Col18a1P39061 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC41.14■■■■■ 4.18
Col18a1P39061 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col18a1P39061 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC41.04■■■■■ 4.16
Col18a1P39061 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
Col18a1P39061 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC40.98■■■■■ 4.15
Col18a1P39061 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC40.89■■■■■ 4.14
Col18a1P39061 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.86■■■■■ 4.13
Col18a1P39061 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC40.79■■■■■ 4.12
Col18a1P39061 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.69■■■■■ 4.1
Col18a1P39061 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC40.67■■■■■ 4.1
Col18a1P39061 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC40.66■■■■■ 4.1
Col18a1P39061 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.66■■■■■ 4.1
Col18a1P39061 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
Col18a1P39061 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.48■■■■■ 4.07
Col18a1P39061 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC40.47■■■■■ 4.07
Col18a1P39061 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
Col18a1P39061 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
Col18a1P39061 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.27■■■■■ 4.04
Col18a1P39061 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC40.22■■■■■ 4.03
Col18a1P39061 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
Col18a1P39061 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
Col18a1P39061 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC40.02■■■■■ 4
Col18a1P39061 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.01■■■■■ 4
Col18a1P39061 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC39.99■■■■□ 3.99
Col18a1P39061 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC39.99■■■■□ 3.99
Col18a1P39061 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.99■■■■□ 3.99
Col18a1P39061 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
Col18a1P39061 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.94■■■■□ 3.98
Col18a1P39061 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC39.94■■■■□ 3.98
Col18a1P39061 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC39.92■■■■□ 3.98
Col18a1P39061 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC39.92■■■■□ 3.98
Col18a1P39061 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
Col18a1P39061 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.87■■■■□ 3.97
Col18a1P39061 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.86■■■■□ 3.97
Col18a1P39061 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
Col18a1P39061 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC39.84■■■■□ 3.97
Col18a1P39061 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC39.81■■■■□ 3.96
Col18a1P39061 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.81■■■■□ 3.96
Col18a1P39061 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.81■■■■□ 3.96
Col18a1P39061 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.74■■■■□ 3.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.8 ms