Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG3P49916 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG3P49916 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG3P49916 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG3P49916 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG3P49916 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIG3P49916 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIG3P49916 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG3P49916 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG3P49916 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG3P49916 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG3P49916 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG3P49916 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG3P49916 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG3P49916 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG3P49916 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG3P49916 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG3P49916 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG3P49916 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG3P49916 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG3P49916 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG3P49916 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG3P49916 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG3P49916 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG3P49916 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG3P49916 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG3P49916 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG3P49916 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG3P49916 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG3P49916 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG3P49916 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG3P49916 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG3P49916 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG3P49916 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG3P49916 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG3P49916 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG3P49916 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG3P49916 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG3P49916 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG3P49916 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG3P49916 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG3P49916 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG3P49916 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG3P49916 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG3P49916 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG3P49916 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG3P49916 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG3P49916 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG3P49916 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG3P49916 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG3P49916 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG3P49916 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG3P49916 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG3P49916 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG3P49916 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG3P49916 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG3P49916 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.9 ms