Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEI3

Ccdc28a, Coiled-coil domain-containing 28A, mousemouse

Predictions only

Length 192 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc28aQ8CEI3 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc28aQ8CEI3 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc28aQ8CEI3 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc28aQ8CEI3 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Ccdc28aQ8CEI3 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc28aQ8CEI3 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms