RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621870.4

GGA3-223, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 1 (best)

Gene GGA3, Length 4,034 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-223	ENST00000621870	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870		A0A087WZG4	1122 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	11.13	□□□□□ -0.63	2e-7	■■■■□ 24.6
GGA3-223	ENST00000621870	IFT57	Q9NWB7	429 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	BECN2	A8MW95	431 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	PHF14	O94880	888 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	RAI14	Q9P0K7	980 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	GC	P02774	474 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	KIAA0556	O60303	1618 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	SLC39A6	Q13433	755 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ORAI2	Q96SN7	254 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DDB1	Q16531	1140 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	AK7	Q96M32	723 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	PSMA5	P28066	241 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	HIP1	O00291	1037 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	FLII	Q13045	1269 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	WDR62	O43379	1518 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DISP1	Q96F81	1524 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ABCC11	Q96J66	1382 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	C6orf229	H3BNL8	230 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	TDO2	P48775	406 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	HYPK	Q9NX55	129 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	POLK	Q9UBT6	870 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	XBP1	P17861	261 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	RFC4	P35249	363 aa		11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	BTG4	Q9NY30	223 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC47	Q96A33	483 aa	Known RBP	11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	NSD2	O96028	1365 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	STK3	Q13188	491 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CEP89	Q96ST8	783 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	MBIP	Q9NS73	344 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	NUP133	Q8WUM0	1156 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		11.06	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	IL2RB	P14784	551 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	TESK2	Q96S53	571 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	NUCB2	P80303	420 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ATP6V1A	P38606	617 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		11.05	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	11.04	□□□□□ -0.64	7e-7	■■□□□ 12.1
GGA3-223	ENST00000621870	AIDA	Q96BJ3	306 aa		11.04	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		11.04	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	ATP10A	O60312	1499 aa		11.04	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	11.04	□□□□□ -0.64
GGA3-223	ENST00000621870	CEP170	Q5SW79	1584 aa		11.04	□□□□□ -0.64

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 85.7 ms