RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ATP10B	O94823	1461 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ADGRL2	O95490	1459 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	FAM83G	A6ND36	823 aa		13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	GRIN2A	Q12879	1464 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	FCHSD2	O94868	740 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM5	Q9C035	493 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	DTNB	O60941	627 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ADCY5	O95622	1261 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TTC22	Q5TAA0	569 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	MCM2	P49736	904 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	NFE2L2	Q16236	605 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	BICD2	Q8TD16	824 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TMX3	Q96JJ7	454 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		13.31	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147		F6X3S4	739 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	FOSB	P53539	338 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R9B	Q96SB3	815 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		13.3	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	BECN2	A8MW95	431 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	NRDC	O43847	1150 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	IGF2BP2	Q9Y6M1	599 aa	Known RBP eCLIP	13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	FERMT3	Q86UX7	667 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	NUP160	Q12769	1436 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		13.29	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	NOLC1	Q14978	699 aa	Known RBP eCLIP	13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	DISP1	Q96F81	1524 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	MCM5	P33992	734 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	CAMK4	Q16566	473 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF428	Q96B54	188 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	MBIP	Q9NS73	344 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF445	P59923	1031 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	CDK19	Q9BWU1	502 aa		13.27	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	MCM10	Q7L590	875 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	USP26	Q9BXU7	913 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	IFT140	Q96RY7	1462 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	KRT24	Q2M2I5	525 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ABCC11	Q96J66	1382 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	VAMP4	O75379	141 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	HS1BP3	Q53T59	392 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	MEIS3	Q99687	375 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	NOS1	P29475	1434 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147		H3BQV1	296 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	FYB1	O15117	783 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	GNAI2	P04899	355 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	IFFO2	Q5TF58	517 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	USP48	Q86UV5	1035 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA0556	O60303	1618 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	AMPH	P49418	695 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CGN	Q9P2M7	1197 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC192	P0DO97	292 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	GPT2	Q8TD30	523 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC183	Q5T5S1	534 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-244	ENST00000636147	ERICH4	A6NGS2	130 aa		13.23	□□□□□ -0.29

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