RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621217.4

GGA3-222, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 2

Gene GGA3, Length 4,181 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-222	ENST00000621217		F6X3S4	739 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	MET	P08581	1390 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	ANXA1	P04083	346 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	TSPYL6	Q8N831	410 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	PLCB2	Q00722	1185 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	PIK3C2G	O75747	1445 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	MYL6B	P14649	208 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	PTPRT	O14522	1441 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	HMMR	O75330	724 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	PTMS	P20962	102 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	FAM177B	A6PVY3	158 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	MBIP	Q9NS73	344 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	GBP4	Q96PP9	640 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-222	ENST00000621217	ERVK-7	P63135	1459 aa		11.15	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ADAMTS2	O95450	1211 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CLTCL1	P53675	1640 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TRPM2	O94759	1503 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	FGD1	P98174	961 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ZNF521	Q96K83	1311 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TBX22	Q9Y458	520 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	BTBD11	A6QL63	1104 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		11.12	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	SHROOM2	Q13796	1616 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	EYA1	Q99502	592 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ABCC3	O15438	1527 aa		11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	MCC	P23508	829 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	AAMP	Q13685	434 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	GORAB	Q5T7V8	394 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		11.1	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	SIL1	Q9H173	461 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CDC45	O75419	566 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	SLC39A6	Q13433	755 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	TRAK2	O60296	914 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		11.09	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		11.08	□□□□□ -0.63
GGA3-222	ENST00000621217	NSD2	O96028	1365 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-222	ENST00000621217	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-222	ENST00000621217	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-222	ENST00000621217	CFAP44	Q96MT7	982 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-222	ENST00000621217		E9PCH4	1651 aa		11.08	□□□□□ -0.64
GGA3-222	ENST00000621217	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		11.08	□□□□□ -0.64

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