RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	33.37	■■■□□ 2.93
PTPN4-208	ENST00000460289	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PTPN4-208	ENST00000460289	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
PTPN4-208	ENST00000460289	ORAI2	Q96SN7	254 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		33.33	■■■□□ 2.93
PTPN4-208	ENST00000460289	PRAM1	Q96QH2	718 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	POGK	Q9P215	609 aa		33.31	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	ADGRB1	O14514	1584 aa		33.3	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		33.3	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		33.3	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	33.29	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	DLC1	Q96QB1	1528 aa		33.28	■■■□□ 2.92
PTPN4-208	ENST00000460289	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	33.25	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	NUTM2F	A1L443	756 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	SHPRH	Q149N8	1683 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	33.22	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	33.22	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PTPN4-208	ENST00000460289	SOCS7	O14512	581 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	NEUROD1	Q13562	356 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	FOXO3	O43524	673 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		33.14	■■■□□ 2.9
PTPN4-208	ENST00000460289	LRP6	O75581	1613 aa		33.13	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	33.1	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	33.1	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		33.08	■■■□□ 2.89
PTPN4-208	ENST00000460289	ADGRB2	O60241	1585 aa		33.07	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	POTEA	Q6S8J7	498 aa		33.06	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	PXDN	Q92626	1479 aa		33.05	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		33.05	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	33.05	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	33.05	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	33.04	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF1A	Q12756	1690 aa		33.04	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PTPN4-208	ENST00000460289	PSME1	Q06323	249 aa		33.01	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	33.01	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	32.98	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		32.96	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	ADAMTS2	O95450	1211 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	C8orf37	Q96NL8	207 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		32.95	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	USP32	Q8NFA0	1604 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	AFF2	P51816	1311 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	CDK19	Q9BWU1	502 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	NGLY1	Q96IV0	654 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	32.9	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	TONSL	Q96HA7	1378 aa		32.9	■■■□□ 2.86
PTPN4-208	ENST00000460289	SBNO1	A3KN83	1393 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	RXRB	P28702	533 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF10	O15013	1369 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP7B	P35670	1465 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	32.79	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	32.78	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	USP21	Q9UK80	565 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPN4-208	ENST00000460289	ITSN1	Q15811	1721 aa		32.76	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	CABP2	Q9NPB3	220 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	EVC2	Q86UK5	1308 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	ACE	P12821	1306 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPN4-208	ENST00000460289	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	PLEKHG5	O94827	1062 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	32.68	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	32.67	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	32.67	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		32.65	■■■□□ 2.82

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