RNA–Protein interactions for RNA: YMR067C

UBX4, Transcript of UBX domain-containing protein that interacts with Cdc48p, yeast

Gene UBX4, Length 1,251 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBX4	YMR067C	DIE2	P50076	525 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YGL204C	P53089	101 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YGR025W	P53216	100 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YNL019C	P53975	284 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	SNA2	P56508	79 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	MRPS17	Q03246	237 aa	Predicted RBP	0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	GPI11	Q06636	219 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	HRD1	Q08109	551 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YPR108W-A	Q3E7B3	70 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YPR014C	Q6B0W2	109 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	YLR365W	Q7LIF2	110 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	IGO2	Q9P305	131 aa		0.22	□□□□□ -2.37
UBX4	YMR067C	COX9	P07255	59 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YHR213W	P0CI67	198 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	TRR1	P29509	319 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	EMP24	P32803	203 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RPL14A	P36105	138 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YBR032W	P38223	100 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	CSH1	P38287	376 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RPL14B	P38754	138 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	HTD2	P38790	280 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	ORM1	P53224	222 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YGR042W	P53227	271 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	ERI1	P62651	68 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	TLG1	Q03322	224 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	THI74	Q04083	370 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SDH7	Q04401	133 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YMR320W	Q04897	101 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YLR194C	Q05777	254 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	NMA1	Q06178	401 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RRT7	Q07829	113 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YPR145C-A	Q2V2P0	78 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YGL258W-A	Q3E740	77 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YOR381W-A	Q3E804	55 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	HUG1	Q6Q5K6	68 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	KSH1	Q8TGJ3	72 aa		0.21	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	ECM12	O13529	151 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	ARG80	P07249	177 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	FPR2	P32472	135 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PAU2	P32612	120 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PAU24	P38155	120 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YAL064W	P39711	94 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	CIN5	P40917	295 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	IMP2	P46972	177 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	BRP1	P53194	125 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PAU12	P53343	120 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PMP3	P87284	55 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YDR366C	P87287	132 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	DYN2	Q02647	92 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	EST3	Q03096	181 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	AIM34	Q03673	198 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	FRQ1	Q06389	190 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YGL041C-B	Q3E750	60 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YMR122W-A	Q3E842	84 aa		0.2	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	QCR7	P00128	127 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SPS2	P08459	502 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	UBC5	P15732	148 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SEC59	P20048	519 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	AHC2	P25649	128 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	MRPL24	P36525	258 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SFT2	P38166	215 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	LSM2	P38203	95 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	DER1	P38307	211 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SPI1	P40092	148 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RPC10	P40422	70 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YIL163C	P40448	117 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PAM16	P42949	149 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SBH1	P52870	82 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YDR210W	Q03482	75 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SPC2	Q04969	178 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	POC4	Q12245	148 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RDI1	Q12434	202 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YBR200W-A	Q3E755	54 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YLR099W-A	Q3E798	87 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PCC1	Q3E833	88 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	Q0017	Q9ZZX8	53 aa		0.19	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RPS25B	P0C0T4	108 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	COX7	P10174	60 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	MRP17	P28778	131 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	MRP49	P32388	137 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YHR173C	P38864	112 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	NVJ1	P38881	321 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	CWP2	P43497	92 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SPG1	P50088	95 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	MIC27	P50945	234 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YGL193C	P53097	103 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	GIM3	P53900	129 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YNL122C	P53921	115 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YMR082C	Q04276	118 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	SCP1	Q08873	200 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YLR118C	Q12354	227 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YMR175W-A	Q3E766	64 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	RPS25A	Q3E792	108 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	PET20	Q99373	253 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	ENV10	Q99382	181 aa		0.18	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	QCR2	P07257	368 aa		0.17	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	YER039C-A	P0CD97	72 aa		0.17	□□□□□ -2.38
UBX4	YMR067C	MRPL31	P14063	131 aa	Predicted RBP	0.17	□□□□□ -2.38

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