RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	CDH8	P55286	799 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TCEAL1	Q15170	157 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	STIL	Q15468	1287 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CNGA2	Q16280	664 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ALKBH5	Q6P6C2	394 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	C16orf59	Q7L2K0	433 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	NOP9	Q86U38	636 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ABI1	Q8IZP0	508 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC4A11	Q8NBS3	891 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	APPL2	Q8NEU8	664 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ELMO3	Q96BJ8	720 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM176A	Q96HP8	235 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LRCH3	Q96II8	777 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SENP8	Q96LD8	212 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF518B	Q9C0D4	1074 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LHX5	Q9H2C1	402 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DSE	Q9UL01	958 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	RALGAPA2	Q2PPJ7	1873 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP1A1	P04798	512 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	FGFR1	P11362	822 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	VDR	P11473	427 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	MAGEA1	P43355	309 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	FMO1	Q01740	532 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	GFPT1	Q06210	699 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LIN28B	Q6ZN17	250 aa	Known RBP eCLIP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM130	Q8N3G9	435 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	UBE2Q2	Q8WVN8	375 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	VCPIP1	Q96JH7	1222 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SUSD3	Q96L08	255 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CALR3	Q96L12	384 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	MMS19	Q96T76	1030 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHB18P	Q96TA0	734 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SMYD3	Q9H7B4	428 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	STXBP5L	Q9Y2K9	1186 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CIT	O14578	2027 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TTC3	P53804	2025 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CYB561D2	O14569	222 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	MED7	O43513	233 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TRAPPC3	O43617	180 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	RTN2	O75298	545 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	B3GAT3	O94766	335 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	LSM8	O95777	96 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	EFEMP2	O95967	443 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	FGB	P02675	491 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	UNG	P13051	313 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	GNA15	P30679	374 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	NDST1	P52848	882 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP17	Q68EM7	881 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	GLYCTK	Q8IVS8	523 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF10	Q8N5U6	811 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	C3orf58	Q8NDZ4	430 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM193B	Q96PV7	902 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	HNRNPUL1	Q9BUJ2	856 aa	Known RBP eCLIP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TSGA10	Q9BZW7	698 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	MYO1A	Q9UBC5	1043 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	L1RE1	Q9UN81	338 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0A6YYK5	440 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD62	A6NC57	917 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CASTOR2	A6NHX0	329 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF2A	O00139	706 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	SYN3	O14994	580 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	OAZ2	O95190	189 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CD58	P19256	250 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP25	P42331	645 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP27A1	Q02318	531 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CENPC	Q03188	943 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	FPGS	Q05932	587 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF5A	Q12840	1032 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CLEC16A	Q2KHT3	1053 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC122	Q5T0U0	273 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ACAD10	Q6JQN1	1059 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	LCLAT1	Q6UWP7	414 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	NYAP1	Q6ZVC0	841 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC43	Q8N309	656 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC20A1	Q8WUM9	679 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	HERVK_113	Q902F9	699 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TFAP2B	Q92481	460 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TNIP3	Q96KP6	325 aa		13.57	□□□□□ -0.24

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