RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475240.5

ABCD4-208, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 5

Gene ABCD4, Length 546 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-208	ENST00000475240	ZFYVE9	O95405	1425 aa		29.25	■■■□□ 2.27
ABCD4-208	ENST00000475240	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		29.24	■■■□□ 2.27
ABCD4-208	ENST00000475240	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	29.23	■■■□□ 2.27
ABCD4-208	ENST00000475240	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	29.22	■■■□□ 2.27
ABCD4-208	ENST00000475240	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	29.21	■■■□□ 2.27
ABCD4-208	ENST00000475240	KCNA6	P17658	529 aa		29.2	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	29.2	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		29.2	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	ILDR2	Q71H61	639 aa		29.19	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	29.19	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	NWD1	Q149M9	1564 aa		29.18	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	TMEM94	Q12767	1356 aa		29.17	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	29.16	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	29.15	■■■□□ 2.26
ABCD4-208	ENST00000475240	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	29.13	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	NAIP	Q13075	1403 aa		29.11	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		29.11	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	29.1	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
ABCD4-208	ENST00000475240	DIP2A	Q14689	1571 aa		29.05	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	TBX22	Q9Y458	520 aa		29.05	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	29.05	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		29.03	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	HFM1	A2PYH4	1435 aa		29.03	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	MSH6	P52701	1360 aa		29.01	■■■□□ 2.24
ABCD4-208	ENST00000475240	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		29.01	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	TRPM2	O94759	1503 aa		28.99	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	SOCS7	O14512	581 aa		28.99	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	CLTCL1	P53675	1640 aa		28.98	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	28.97	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	TRIM52	Q96A61	297 aa		28.97	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	PIK3R4	Q99570	1358 aa		28.97	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		28.96	■■■□□ 2.23
ABCD4-208	ENST00000475240	C14orf37	Q86TY3	774 aa		28.91	■■■□□ 2.22
ABCD4-208	ENST00000475240	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	28.91	■■■□□ 2.22
ABCD4-208	ENST00000475240	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		28.91	■■■□□ 2.22
ABCD4-208	ENST00000475240	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		28.91	■■■□□ 2.22
ABCD4-208	ENST00000475240	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		28.9	■■■□□ 2.22
ABCD4-208	ENST00000475240	KIF1B	O60333	1816 aa		28.88	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	SLAIN2	Q9P270	581 aa		28.88	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		28.87	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	PTPRU	Q92729	1446 aa		28.86	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		28.86	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
ABCD4-208	ENST00000475240	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		28.8	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	ATF3	P18847	181 aa		28.79	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		28.79	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	MET	P08581	1390 aa		28.78	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	PHLPP1	O60346	1717 aa		28.78	■■■□□ 2.2
ABCD4-208	ENST00000475240	DCC	P43146	1447 aa		28.72	■■■□□ 2.19
ABCD4-208	ENST00000475240	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
ABCD4-208	ENST00000475240	FOXD1	Q16676	465 aa		28.72	■■■□□ 2.19
ABCD4-208	ENST00000475240	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		28.7	■■■□□ 2.19
ABCD4-208	ENST00000475240	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	28.69	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	JCAD	Q9P266	1359 aa		28.68	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		28.68	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	PPL	O60437	1756 aa		28.67	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	28.66	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		28.65	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		28.65	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	28.65	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	28.64	■■■□□ 2.18
ABCD4-208	ENST00000475240	BRINP3	Q76B58	766 aa		28.62	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		28.62	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	MST1R	Q04912	1400 aa		28.61	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	PTCH1	Q13635	1447 aa		28.61	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		28.6	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		28.59	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	28.59	■■■□□ 2.17
ABCD4-208	ENST00000475240	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		28.57	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	RGL3	Q3MIN7	710 aa		28.56	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		28.56	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		28.55	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		28.54	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	SHPRH	Q149N8	1683 aa		28.54	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		28.52	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	IFT172	Q9UG01	1749 aa		28.52	■■■□□ 2.16
ABCD4-208	ENST00000475240	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		28.51	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		28.51	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	POTEA	Q6S8J7	498 aa		28.5	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	LRP6	O75581	1613 aa		28.5	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		28.5	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		28.46	■■■□□ 2.15
ABCD4-208	ENST00000475240	PIK3C2G	O75747	1445 aa		28.43	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	28.42	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	28.41	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	STK26	Q9P289	416 aa		28.4	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	TECPR2	O15040	1411 aa		28.4	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	28.39	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	28.39	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	28.39	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		28.39	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	28.39	■■■□□ 2.14
ABCD4-208	ENST00000475240	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		28.36	■■■□□ 2.13
ABCD4-208	ENST00000475240	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		28.36	■■■□□ 2.13
ABCD4-208	ENST00000475240	ORAI2	Q96SN7	254 aa		28.36	■■■□□ 2.13

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