RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	GYPC	P04921	128 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TPM1	P09493	284 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SELP	P16109	830 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	RFX1	P22670	979 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBED6	P86452	979 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	LPIN1	Q14693	890 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CBWD6	Q4V339	395 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	DCAF17	Q5H9S7	520 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	HABP4	Q5JVS0	413 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB41	Q5SVQ8	909 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHDC7A	Q5VTJ3	777 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPL10	Q7Z7H8	261 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CNGA4	Q8IV77	575 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	THNSL1	Q8IYQ7	743 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TC2N	Q8N9U0	490 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF516	Q92618	1163 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC127	Q96BQ5	260 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM81B	Q96LP2	452 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJC7	Q99615	494 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC94	Q9BW85	323 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PDE11A	Q9HCR9	933 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PADI3	Q9ULW8	664 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	LUC7L2	Q9Y383	392 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	C2CD2	Q9Y426	696 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	EVPL	Q92817	2033 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM49	P0CI25	452 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM49C	P0CI26	452 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FGFR4	P22455	802 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TNFSF9	P41273	254 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	GCLM	P48507	274 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MXI1	P50539	228 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB27A	P51159	221 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM189B	P81408	668 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CDK17	Q00537	523 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB6	Q15916	424 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	DUOXA2	Q1HG44	320 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXL13	Q8NEE6	735 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	NEK11	Q8NG66	645 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	OR8K1	Q8NGG5	319 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	POP1	Q99575	1024 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	NAA15	Q9BXJ9	866 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP72	Q9P209	647 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FRMPD3	Q5JV73	1810 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	LACTBL1	A8MY62	500 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MEFV	O15553	781 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MFAP3L	O75121	409 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC34A2	O95436	690 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	DLAT	P10515	647 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SKI	P12755	728 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNE1	P15382	129 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TNNI1	P19237	187 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC9A1	P19634	815 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CASP14	P31944	242 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FXR1	P51114	621 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	WNT7B	P56706	349 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MYL7	Q01449	175 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	JAKMIP2	Q96AA8	810 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FTHL17	Q9BXU8	183 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	GAN	Q9H2C0	597 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	SIX2	Q9NPC8	291 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	TOPORS	Q9NS56	1045 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB20	Q9NX57	234 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ALPK3	Q96L96	1907 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP290	O15078	2479 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0U1RQF3	1178 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF225	M0QZC1	329 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	NPTXR	O95502	500 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	UCHL3	P15374	230 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT9	P35527	623 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	YARS	P54577	528 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FAAP100	Q0VG06	881 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PAK2	Q13177	524 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MBTPS1	Q14703	1052 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	MEA1	Q16626	185 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	HACE1	Q8IYU2	909 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TRAF4-208	ENST00000469529	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		13.78	□□□□□ -0.2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 562.8 ms