RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 SLC5A5Q92911 643 aa8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CUL5Q93034 780 aa8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ABHD8Q96I13 439 aa8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NAP1L4Q99733 375 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MYL10Q9BUA6 226 aa8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GGA2Q9UJY4 613 aa8.4□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SYNRGQ9UMZ2 1314 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 H3BQV1 296 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 KIF5CO60282 957 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 KPNA6O60684 536 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 POLR2MP0CAP2 368 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SETSIPP0DME0 302 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MUTP22033 750 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 KCTD2Q14681 263 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ECM1Q16610 540 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 IFFO2Q5TF58 517 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MTHFD1LQ6UB35 978 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RDM1Q8NG50 284 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PPTC7Q8NI37 304 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TCP11Q8WWU5 503 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RBM41Q96IZ5 413 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SLC40A1Q9NP59 571 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PPME1Q9Y570 386 aa8.39□□□□□ -1.07
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USP4-211ENST00000485450 MOXD2PA6NHM9 499 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCL5P13501 91 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MPP3Q13368 585 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ACVR2BQ13705 512 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 BAATQ14032 418 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 KIAA1328Q86T90 577 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PARP9Q8IXQ6 854 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCDC13Q8IYE1 715 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 LINC01465Q8N7H1 131 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NOA1Q8NC60 698 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MTMR9Q96QG7 549 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 USP28Q96RU2 1077 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 LRRC2Q9BYS8 371 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TRIM17Q9Y577 477 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GBF1Q92538 1859 aa8.39□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 IGSF9BQ9UPX0 1349 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 JAK2O60674 1132 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CD4P01730 458 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RPL13P26373 211 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CALML3P27482 149 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SLC8A1P32418 973 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CDR1P51861 262 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SSRP1Q08945 709 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NAA25Q14CX7 972 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MFSD14CQ5VZR4 134 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ADALQ6DHV7 355 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SYNE3Q6ZMZ3 975 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MFN1Q8IWA4 741 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CTAGE1Q96RT6 745 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 OCEL1Q9H607 264 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 INTS13Q9NVM9 706 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PCNTO95613 3336 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 A6NHS1 94 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NDUFAB1O14561 156 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 STBD1O95210 358 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 AKR1A1P14550 325 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CYP11B2P19099 503 aa8.38□□□□□ -1.07
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USP4-211ENST00000485450 CNTN2Q02246 1040 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 IFT88Q13099 833 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 BRAPQ7Z569 592 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CEP57Q86XR8 500 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GIMAP8Q8ND71 665 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TAAR1Q96RJ0 339 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 DESI2Q9BSY9 194 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PTPDC1A2A3K4 754 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TARSL2A2RTX5 802 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GNA11P29992 359 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCND2P30279 289 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CDC25CP30307 473 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ME1P48163 572 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ADCY7P51828 1080 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PPP2R5CQ13362 524 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 HYIQ5T013 277 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ACBD5Q5T8D3 534 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ARHGAP22Q7Z5H3 698 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MICU3Q86XE3 530 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TOX2Q96NM4 488 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MTRQ99707 1265 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MXRA8Q9BRK3 442 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CPVLQ9H3G5 476 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FANCLQ9NW38 375 aa8.38□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 B4DLN1 442 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GOLGA8KD6RF30 607 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 LYPLA2O95372 231 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SMPD1P17405 629 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCND3P30281 292 aaPredicted RBP8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NDUFA8P51970 172 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 UBXN2AP68543 259 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TRIM32Q13049 653 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 BTG3Q14201 252 aaPredicted RBP8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SPRED3Q2MJR0 410 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FILIP1LQ4L180 1135 aa8.37□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 IL31RAQ8NI17 732 aa8.37□□□□□ -1.07
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