RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-213	ENST00000481019	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-213	ENST00000481019	PRKAG2	Q9UGJ0	569 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-213	ENST00000481019	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-213	ENST00000481019	NFASC	O94856	1347 aa		13.9	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	BTBD18	B2RXH4	712 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019		H3BRB1	525 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MSH4	O15457	936 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MAFG	O15525	162 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC37A4	O43826	429 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TIMP1	P01033	207 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MMP1	P03956	469 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	RAG1	P15918	1043 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	BMP8B	P34820	402 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	USP11	P51784	963 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ACTR2	P61160	394 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	HABP4	Q5JVS0	413 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	C16orf59	Q7L2K0	433 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	WASF1	Q92558	559 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MBOAT7	Q96N66	472 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	RNPEP	Q9H4A4	650 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	LGR5	O75473	907 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CYP3A7	P24462	503 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MARK3	P27448	753 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	HOXC8	P31273	242 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	KRT2	P35908	639 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CCL23	P55773	120 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PTGIS	Q16647	500 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	C7orf31	Q8N865	590 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SDF4	Q9BRK5	362 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	HIPK3	Q9H422	1215 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SCN5A	Q14524	2016 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ATG7	O95352	703 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CSF2RA	P15509	400 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SHH	Q15465	462 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	LETM2	Q2VYF4	491 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019		Q4G0T1	1027 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ABHD15	Q6UXT9	468 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC5A5	Q92911	643 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SCLY	Q96I15	445 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	LBHD1	Q9BQE6	289 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SEZ6L	Q9BYH1	1024 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	IGKV6D-21	A0A0A0MT36	114 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	KIF28P	B7ZC32	967 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TREH	O43280	583 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ACR	P10323	421 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	XBP1	P17861	261 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	GPNMB	Q14956	572 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MFSD5	Q6N075	450 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PSMD10	O75832	226 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ATP4A	P20648	1035 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	ADAM17	P78536	824 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	FPGS	Q05932	587 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	PLCB4	Q15147	1175 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	NEK8	Q86SG6	692 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	C8orf76	Q96K31	380 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	EMSY	Q7Z589	1322 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-213	ENST00000481019	WDR81	Q562E7	1941 aa		13.84	□□□□□ -0.19

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