RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SMCO2	A6NFE2	343 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	FIBP	O43427	364 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	B4GALT4	O60513	344 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PPFIA3	O75145	1194 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	TIMP1	P01033	207 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ANAPC15	P60006	121 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SP2	Q02086	613 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SPATA33	Q96N06	139 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		27.55	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ICAM3	P32942	547 aa		27.54	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	FPGS	Q05932	587 aa		27.54	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		27.54	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	NLRX1	Q86UT6	975 aa		27.54	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		27.54	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		27.53	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		27.53	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		27.53	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF286B	P0CG31	522 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	STK3	Q13188	491 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SEMA3F	Q13275	785 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	NTRK3	Q16288	839 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PGBD1	Q96JS3	809 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	HIPK3	Q9H422	1215 aa		27.52	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	CPLX1	O14810	134 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	IFNAR1	P17181	557 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	NEDD9	Q14511	834 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PKN1	Q16512	942 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	ANO3	Q9BYT9	981 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC34A2	O95436	690 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2C18	P33260	490 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	MFSD5	Q6N075	450 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	KAT2B	Q92831	832 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM260	Q9NX78	707 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SEC24B	O95487	1268 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	AP3B2	Q13367	1082 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SHH	Q15465	462 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM199	Q8N511	208 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	GPRASP2	Q96D09	838 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CDHR1	Q96JP9	859 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	NOD1	Q9Y239	953 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	ESYT2	A0FGR8	921 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PPFIA4	O75335	1185 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	F2	P00734	622 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2C9	P11712	490 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	ITGB5	P18084	799 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PSEN2	P49810	448 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	EPHB4	P54760	987 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	METTL7B	Q6UX53	244 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	LRCH3	Q96II8	777 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	ALG1	Q9BT22	464 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	C6orf50	Q9HD87	102 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SP4	Q02446	784 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	MTMR1	Q13613	665 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	MFSD10	Q14728	455 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	CSF2RA	P15509	400 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	C7orf31	Q8N865	590 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	JADE2	Q9NQC1	790 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		27.46	■■□□□ 1.99
CPNE1-223	ENST00000475146	GNA11	P29992	359 aa		27.45	■■□□□ 1.98
CPNE1-223	ENST00000475146	CCL23	P55773	120 aa		27.45	■■□□□ 1.98

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