RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf71	A4D174	169 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	INMT-MINDY4	F8WBC2	141 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PRAF2	O60831	178 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE7	O76087	117 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE12F	P0CL80	117 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE12G	P0CL81	117 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE12I	P0CL82	117 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CD300C	Q08708	224 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	BTN1A1	Q13410	526 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CLINT1	Q14677	625 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZQT7	251 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZTI0	123 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC28A	Q8IWP9	274 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	BLNK	Q8WV28	456 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FXYD5	Q96DB9	178 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF503	Q96F45	646 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG101	Q9BSB4	218 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MARVELD1	Q9BSK0	173 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR61	Q9GZS3	305 aa	Known RBP	8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PTTG2	Q9NZH5	202 aa		8.31	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV26-1	A0A087WT03	109 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SNURFL	B1AK76	121 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	RLN2	P04090	185 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	NBEAP1	P0C6P0	100 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MED14OS	P0DP75	135 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	M6PR	P20645	277 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ICAM4	Q14773	271 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF575	Q86XF7	245 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R1C	Q8WVI7	109 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PHYHIPL	Q96FC7	376 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00477	Q96M19	166 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	C18orf15	Q96N68	181 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	VGLL1	Q99990	258 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A31	Q9H0C2	315 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TIMM9	Q9Y5J7	89 aa		8.3	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL18	P55774	89 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TNP2	Q05952	138 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SOHLH1	Q5JUK2	328 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM122C	Q6P4D5	195 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SSX7	Q7RTT5	188 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GNPNAT1	Q96EK6	184 aa	Predicted RBP	8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	OR51M1	Q9H341	326 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FUT9	Q9Y231	359 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPG2	P98160	4391 aa		8.29	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0J9YY99	117 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BNG1	76 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	NMB	P08949	121 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10J4	P0C629	311 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TCL1A	P56279	114 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CYCS	P99999	105 aa	Known RBP	8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5I1	Q13606	314 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf223	Q8N319	242 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP5S	Q99766	215 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PAXX	Q9BUH6	204 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF492	Q9P255	531 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	TP53TG3	Q9ULZ0	132 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	KLF12	Q9Y4X4	402 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPB11	Q9Y547	144 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		8.28	□□□□□ -1.08
PTPRF-211	ENST00000467464	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SPINK4	O60575	86 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MPC2	O95563	127 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ESRG	Q1W209	222 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464		Q8TAT8	98 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	UPK3B	Q9BT76	320 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNIP2	Q9NS61	270 aa		8.27	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM78	Q5T7P6	136 aa		8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464		Q9H8V8	135 aa		8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	WFDC1	Q9HC57	220 aa		8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS16	Q9Y3D3	137 aa	Known RBP	8.26	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV1OR15-1	A0A075B7D0	117 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A096LPF7	62 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TRGV1	A0A0A0MS02	117 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf112	F2Z3M2	114 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	OR7C2	O60412	319 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF3G	O75821	320 aa	Known RBP eCLIP	8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GPX1	P07203	203 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF138	P52744	262 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	FFAR4	Q5NUL3	377 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464		Q9H3A6	140 aa		8.25	□□□□□ -1.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MBD2	Q9UBB5	411 aa		8.25	□□□□□ -1.09

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