RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	KCTD12	Q96CX2	325 aa	Known RBP	9.03	□□□□□ -0.96
PTPRF-211	ENST00000467464	PEMT	Q9UBM1	199 aa		9.03	□□□□□ -0.96
PTPRF-211	ENST00000467464		S4R3C0	116 aa		9.03	□□□□□ -0.96
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD2B	A6NFX1	497 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	GGCT	O75223	188 aa	Known RBP	9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HPRT1	P00492	218 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	REG1A	P05451	166 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	FOLR2	P14207	255 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM209B	Q5JX69	171 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	GPHB5	Q86YW7	130 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CROCCP3	Q8IVE0	287 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMD12	Q8N8I0	201 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	OR51H1	Q8NH63	302 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	MOB3A	Q96BX8	217 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	FXYD6	Q9H0Q3	95 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHA2	Q9HB19	425 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM140	Q9NV12	185 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	EHF	Q9NZC4	300 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM213	A2RRL7	107 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MWP6	167 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CD7	P09564	240 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	NQO2	P16083	231 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RFX2	P48378	723 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	LSM3	P62310	102 aa	Known RBP	9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CATR1	Q13166	79 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC19A	Q6UXS0	136 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	LYSMD2	Q8IV50	215 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	LAX1	Q8IWV1	398 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPAN14	Q8NG11	270 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CACNG8	Q8WXS5	425 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A46	Q96AG3	418 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	LYST	Q99698	3801 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	WFDC10A	Q9H1F0	79 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	COMMD9	Q9P000	198 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SORL1	Q92673	2214 aa		9.01	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TNC	P24821	2201 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WXM4	84 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	DPPA5	A6NC42	116 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PGLYRP1	O75594	196 aa	Predicted RBP	9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PMP2	P02689	132 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF4E	P06730	217 aa	Known RBP	9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST1H1B	P16401	226 aa	Known RBP	9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL3	P36405	182 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CD81	P60033	236 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF585B	Q52M93	769 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM69	Q5SWH9	247 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	AADACL3	Q5VUY0	350 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10W1	Q8NGF6	305 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CD300LF	Q8TDQ1	290 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	GPX8	Q8TED1	209 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF414	Q96IQ9	312 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	NEURL2	Q9BR09	285 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA25	Q9BR10	227 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SRSF8	Q9BRL6	282 aa	Known RBP	9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	AIFM2	Q9BRQ8	373 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF2	Q9BSG1	426 aa	Predicted RBP	9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RETN	Q9HD89	108 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HRASLS	Q9HDD0	168 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	IFT46	Q9NQC8	304 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	MLX	Q9UH92	298 aa		9	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCH11	A6NNE9	402 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFAIP8	O95379	198 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RLN1	P04808	185 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	LYL1	P12980	280 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	RPA2	P15927	270 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CBLN1	P23435	193 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	MFAP2	P55001	183 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HERV-K104	P61576	105 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	NCS1	P62166	190 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	WT1-AS	Q06250	92 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM61	Q8N0U2	210 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	CADM3	Q8N126	398 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB125	Q8N687	156 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	EEF1AKMT3	Q96AZ1	226 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR89	Q96FK6	387 aa	Predicted RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HIPK2	Q9H2X6	1198 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFA4L2	Q9NRX3	87 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	GAR1	Q9NY12	217 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TECR	Q9NZ01	308 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	SELENOK	Q9Y6D0	94 aa		8.99	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX50	A0A1B0GTY4	177 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	DBX1	A6NMT0	343 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464		F8W735	103 aa	Predicted RBP	8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	DHFR	P00374	187 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf88	P0DMB2	117 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	F2R	P25116	425 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	PTBP1	P26599	531 aa	Known RBP eCLIP	8.98	□□□□□ -0.97	1e-7	■□□□□ 8.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS3	P35030	304 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	HRH1	P35367	487 aa		8.98	□□□□□ -0.97
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS2R46	P59540	309 aa		8.98	□□□□□ -0.97

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