RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		9.41	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	TAF9B	Q9HBM6	251 aa		9.41	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	LIN7C	Q9NUP9	197 aa	Known RBP	9.41	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	9.41	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2QL1	A1L167	161 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	LANCL1	O43813	399 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	MOS	P00540	346 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPK3	P27361	379 aa	Predicted RBP	9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	F2RL1	P55085	397 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	QRFP	P83859	136 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	UNC119	Q13432	240 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	LSAMP	Q13449	338 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR50	Q13585	617 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	MORN2	Q502X0	79 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	ACSM3	Q53FZ2	586 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	STEAP3	Q658P3	488 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10K2	Q6IF99	312 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAT1	Q6PIZ9	186 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf86	Q6ZUL3	223 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF554	Q86TJ5	538 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	COMMD1	Q8N668	190 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF152	Q8N8N0	203 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	NRG4	Q8WWG1	115 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	PHYHIP	Q92561	330 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	THRSP	Q92748	146 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM46B	Q96A09	425 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	S1PR3	Q99500	378 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	P2RX4	Q99571	388 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	GFI1	Q99684	422 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	SULT4A1	Q9BR01	284 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	MND1	Q9BWT6	205 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNK15	Q9H427	330 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	GNG12	Q9UBI6	72 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	GHRL	Q9UBU3	117 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	ERGIC3	Q9Y282	383 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAH9	Q9NYC9	4486 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA2026	Q5HYC2	2103 aa		9.4	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0A6YYD4	124 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	NCBP2L	A6PVI3	153 aa	Known RBP	9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM14DP	A8MWL7	114 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	AP4M1	O00189	453 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A1	O15245	554 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNL1	O43396	289 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	UCHL1	P09936	223 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	IL3RA	P26951	378 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS27A	P62979	156 aa	Known RBP	9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGN3	Q15651	99 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	LCNL1	Q6ZST4	164 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR18	Q8N4B5	295 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TM2D1	Q9BX74	207 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP57	Q9NU63	452 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF580	Q9UK33	172 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	JPT1	Q9UK76	154 aa		9.39	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464		H0YHG0	523 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	MPIG6B	O95866	241 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	NAPSA	O96009	420 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	RPLP1	P05386	114 aa	Known RBP	9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	UBB	P0CG47	229 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	HTR2C	P28335	458 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A1	P30531	599 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXD3	P31249	432 aa	Predicted RBP	9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	MYCNOS	P40205	109 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	AQP4	P55087	323 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	HTD2	P86397	168 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	SPHAR	Q15513	63 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	LY6G6F	Q5SQ64	297 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF880	Q6PDB4	577 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM91	Q6ZNR0	172 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXRED2	Q8IWF2	684 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	OR8H1	Q8NGG4	311 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	RAX2	Q96IS3	184 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	NABP2	Q9BQ15	211 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	NICN1	Q9BSH3	213 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD14A	Q9BUJ0	271 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TMED9	Q9BVK6	235 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	CST11	Q9H112	138 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB9B	Q9NP90	201 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2S2	Q9NQN1	319 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	NOTCH3	Q9UM47	2321 aa		9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	9.38	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXI3	A8MTJ6	420 aa	Predicted RBP	9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGES3L	E9PB15	166 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	YPEL1	O60688	119 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHG4	P01861	327 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	IGF1	P05019	195 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35B1	P78383	322 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXE3	Q13461	319 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	PNLIPRP3	Q17RR3	467 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM48	Q5RL73	367 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX38	Q6PEX7	206 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf201	Q7Z4U5	140 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF695	Q8IW36	515 aa		9.37	□□□□□ -0.91

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 110.3 ms