RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636351.1

CLN3-247, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,292 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-247ENST00000636351 SMIM30A4D0T7 59 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 M0R1W7 72 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 BPNT1O95861 308 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 SMIM18P0DKX4 95 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 IGHV4-38-2P0DP08 117 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 RAB3BP20337 219 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 LMO1P25800 156 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 FGF9P31371 208 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 P2RX3P56373 397 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 OR10A3P58181 314 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 BAMBIQ13145 260 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ZNF273Q14593 569 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TIMM50Q3ZCQ8 353 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 KRBOX4Q5JUW0 171 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 HES5Q5TA89 166 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TRAPPC6BQ86SZ2 158 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 LHX4Q969G2 390 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 DMRTB1Q96MA1 342 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 KCTD7Q96MP8 289 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ZNF48Q96MX3 618 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TMEM59Q9BXS4 323 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ZNF581Q9P0T4 197 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TRRAPQ9Y4A5 3859 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TRAV24A0A0B4J272 114 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 hCG_1809904A0A1W2PP81 198 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PPE2 198 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PR64 198 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PRV1 198 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 SHISA3A0PJX4 238 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ARSBP15848 533 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 CCL3L1P16619 93 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 JUNBP17275 347 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 RANBP1P43487 201 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 CLDN12P56749 244 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 PRB3Q04118 309 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 AESQ08117 197 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 OR10K2Q6IF99 312 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 METAP1DQ6UB28 335 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 PDZD9Q8IXQ8 264 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 SUMF2Q8NBJ7 301 aa14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 DPCDQ9BVM2 203 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 MRPS26Q9BYN8 205 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 MS4A7Q9GZW8 240 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 METTL8Q9H825 291 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ZMAT3Q9HA38 289 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TRIM64CA6NLI5 447 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 CSN2P05814 226 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 VSIG8P0DPA2 414 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 DLX1P56177 255 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 MEF2CQ06413 473 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 KCNG3Q8TAE7 436 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 Q96M66 194 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 ZNF714Q96N38 554 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 UNKLQ9H9P5 680 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 SPACA1Q9HBV2 294 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 STEAP1Q9UHE8 339 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 LINC00312Q9Y6C7 94 aa14.59□□□□□ -0.07
CLN3-247ENST00000636351 TRGV10A0A0A0MS01 117 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 ODAMA1E959 279 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 AIREO43918 545 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 RNASE1P07998 156 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 ERP29P30040 261 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 GLP1RP43220 463 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 GLIPR1P48060 266 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 KLRD1Q13241 179 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 RUSC1-AS1Q66K80 236 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 BRD3OSQ6XYD6 125 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 Q8N7P7 452 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 TAF15Q92804 592 aaKnown RBP eCLIP14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 YIPF6Q96EC8 236 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 COQ2Q96H96 371 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 RNF167Q9H6Y7 350 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 IFT22Q9H7X7 185 aa14.58□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 MEIKINA0A087WXM9 373 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 IFITM5A6NNB3 132 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 ZNF728P0DKX0 622 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 KCNJ3P48549 501 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 MXD1Q05195 221 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 UNC119Q13432 240 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 NKAPLQ5M9Q1 402 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 NCR3LG1Q68D85 454 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 RAB12Q6IQ22 244 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 BRICD5Q6PL45 260 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 ZNF782Q6ZMW2 699 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 C1orf122Q6ZSJ8 110 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 TCF23Q7RTU1 214 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 OR2W3Q7Z3T1 314 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 OR51D1Q8NGF3 324 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 SLC25A28Q96A46 364 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 FAM3DQ96BQ1 224 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 CENPOQ9BU64 300 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 BARHL1Q9BZE3 327 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 KIF25Q9UIL4 384 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 PEX16Q9Y5Y5 336 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 IGHV1-69DA0A0B4J2H0 117 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 CENPVL3A0A0U1RRI6 287 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PRD5 423 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PRF3 423 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 A0A1W2PRM7 423 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-247ENST00000636351 FAM90A10PA6NDY2 464 aa14.56□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.8 ms