RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566600.1

NME3-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 913 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-209	ENST00000566600	USP17L8	P0C7I0	530 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	ADORA1	P30542	326 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	GORAB	Q5T7V8	394 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	SEMA3E	O15041	775 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	ZBTB22	O15209	634 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	32.17	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	OGFOD1	Q8N543	542 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	CCDC102B	Q68D86	513 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	LDHD	Q86WU2	507 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	MXD3	Q9BW11	206 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		32.15	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	PHKA1	P46020	1223 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	JAG2	Q9Y219	1238 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-209	ENST00000566600	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	SHTN1	A0MZ66	631 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	FSTL1	Q12841	308 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	CERS5	Q8N5B7	392 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	DCTPP1	Q9H773	170 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	APBB1	O00213	710 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	CHADL	Q6NUI6	762 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	POTEI	P0CG38	1075 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	POTEJ	P0CG39	1038 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	C1QTNF8	P60827	252 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	AACS	Q86V21	672 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-209	ENST00000566600	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	RASGRF1	Q13972	1273 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	32.05	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		32.05	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600		F8W031	263 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	EGFR	P00533	1210 aa		32.03	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	32.03	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	32.03	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	MAST3	O60307	1309 aa		32.02	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	SPATA5	Q8NB90	893 aa		32.02	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	32.02	■■■□□ 2.72
NME3-209	ENST00000566600	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		32.01	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		32.01	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		32.01	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	SCARF1	Q14162	830 aa		32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	DLGAP5	Q15398	846 aa		32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	CNTROB	Q8N137	903 aa		32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	GCC1	Q96CN9	775 aa		32	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	31.99	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	31.98	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	MCAM	P43121	646 aa		31.98	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	31.98	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	MRI	Q9BWK5	157 aa		31.98	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	WNT10B	O00744	389 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	CFAP100	Q494V2	611 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	BCL11A	Q9H165	835 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	31.96	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	GRIK5	Q16478	980 aa		31.96	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	31.95	■■■□□ 2.71
NME3-209	ENST00000566600	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		31.95	■■■□□ 2.71

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 92.1 ms