RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514313.1

NUP54-215, Transcript of nucleoporin 54, human

TSL 2

Gene NUP54, Length 537 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NUP54-215	ENST00000514313	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	SALL4	Q9UJQ4	1053 aa		11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		11.42	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	SLC35F4	A4IF30	521 aa		11.41	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	ST8SIA5	O15466	376 aa		11.41	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	NFKB1	P19838	968 aa		11.41	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	COPRS	Q9NQ92	184 aa		11.41	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	NRG2	O14511	850 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	BNIP3L	O60238	219 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	DNAJA1	P31689	397 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	LAMC2	Q13753	1193 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	PNMA5	Q96PV4	448 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	ABCB6	Q9NP58	842 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	NDFIP2	Q9NV92	336 aa		11.4	□□□□□ -0.58
NUP54-215	ENST00000514313	ACPP	P15309	386 aa		11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	FCGRT	P55899	365 aa		11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	SPEM2	Q0P670	501 aa		11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DBN1	Q16643	649 aa		11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	RAB44	Q7Z6P3	723 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	GTF3C5	Q9Y5Q8	519 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	GFRA3	O60609	400 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	ABHD17A	Q96GS6	310 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	GML	Q99445	158 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	SLC30A3	Q99726	388 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	OXCT2	Q9BYC2	517 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	LIN7B	Q9HAP6	207 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	AAAS	Q9NRG9	546 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	MARK1	Q9P0L2	795 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313		H7C1W4	665 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	KIF4A	O95239	1232 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	PSAP	P07602	524 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	SOX18	P35713	384 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TCF12	Q99081	682 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DACH1	Q9UI36	760 aa		11.37	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	CD33	P20138	364 aa		11.36	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		11.36	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		11.36	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	BHMT	Q93088	406 aa		11.36	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TMEM238L	A0A1B0GVL6	79 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	ATP2B1	P20020	1258 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	MAP3K10	Q02779	954 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	ARID5A	Q03989	594 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	PAK2	Q13177	524 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	ZNF837	Q96EG3	531 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TRIM56	Q9BRZ2	755 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	FBXO24	O75426	580 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	TRPA1	O75762	1119 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	MAP3K6	O95382	1288 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	GJA8	P48165	433 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	PLAUR	Q03405	335 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	HYAL2	Q12891	473 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	CCNJL	Q8IV13	435 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	NSUN5	Q96P11	429 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	OSMR	Q99650	979 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313	PPM1H	Q9ULR3	514 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NUP54-215	ENST00000514313		F6X3S4	739 aa		11.33	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	11.33	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	EFCC1	Q9HA90	598 aa		11.33	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		11.33	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	XRCC5	P13010	732 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	CEP120	Q8N960	986 aa		11.32	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		11.32	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	RSRP1	Q9BUV0	290 aa		11.32	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	ATXN7L1	Q9ULK2	861 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	GRIA4	P48058	902 aa		11.31	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	GTPBP3	Q969Y2	492 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	GPRASP2	Q96D09	838 aa		11.31	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	HHIP	Q96QV1	700 aa		11.31	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	DZANK1	Q9NVP4	752 aa		11.31	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	METTL12	A8MUP2	240 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	FGR	P09769	529 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	ITGA6	P23229	1130 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	DPH6	Q7L8W6	267 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	MCF2L2	Q86YR7	1114 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	ARMC5	Q96C12	935 aa		11.3	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	FGFR3	P22607	806 aa		11.29	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	NRL	P54845	237 aa		11.29	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		11.29	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	GMCL1	Q96IK5	515 aa		11.29	□□□□□ -0.6
NUP54-215	ENST00000514313	SPON2	Q9BUD6	331 aa		11.29	□□□□□ -0.6

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