RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566600.1

NME3-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 913 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-209	ENST00000566600	BBOX1	O75936	387 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	GRAP	Q13588	217 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	32.98	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	32.98	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	MYH3	P11055	1940 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	CHD4	Q14839	1912 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	TRIM27	P14373	513 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	TMC4	Q7Z404	712 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	UTY	O14607	1347 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	CCDC93	Q567U6	631 aa		32.96	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		32.96	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		32.95	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	RTL9	Q8NET4	1388 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	USP44	Q9H0E7	712 aa		32.92	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	UTRN	P46939	3433 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	CSF1R	P07333	972 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	SP8	Q8IXZ3	490 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	32.91	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	32.9	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	32.9	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	32.9	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	FOXO4	P98177	505 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-209	ENST00000566600	NFKBIE	O00221	500 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	GREM2	Q9H772	168 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	TAF1	P21675	1872 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	MS4A1	P11836	297 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	RASSF7	Q02833	373 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	OLFM4	Q6UX06	510 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	SUCLG2	Q96I99	432 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	LMNB1	P20700	586 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	32.85	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	TNN	Q9UQP3	1299 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	FAM161A	Q3B820	660 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	PSMD1	Q99460	953 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	ITGA6	P23229	1130 aa		32.83	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	YY1	P25490	414 aa		32.83	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		32.83	■■■□□ 2.85
NME3-209	ENST00000566600	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	GNAI3	P08754	354 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	KAZALD1	Q96I82	304 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	SNED1	Q8TER0	1413 aa		32.82	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	SBF1	O95248	1867 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	RNF181	Q9P0P0	153 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	MPND	Q8N594	471 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	COL4A1	P02462	1669 aa		32.78	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	MEIS3	Q99687	375 aa		32.78	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		32.77	■■■□□ 2.84
NME3-209	ENST00000566600	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		32.76	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	PRELP	P51888	382 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	SLC51A	Q86UW1	340 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	VPS33B	Q9H267	617 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	32.75	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	RLBP1	P12271	317 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	32.74	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	GPSM2	P81274	684 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	PANK1	Q8TE04	598 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		32.72	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	PLIN1	O60240	522 aa		32.71	■■■□□ 2.83
NME3-209	ENST00000566600	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		32.71	■■■□□ 2.83

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