RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000533362.1

PUF60-222, Transcript of poly(U) binding splicing factor 60, human

TSL 5

Gene PUF60, Length 616 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PUF60-222	ENST00000533362	CACNA1S	Q13698	1873 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	UTY	O14607	1347 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	BBOX1	O75936	387 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	MS4A1	P11836	297 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	GRAP	Q13588	217 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	SLX4	Q8IY92	1834 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	28.28	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	RTL9	Q8NET4	1388 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	C21orf2	O43822	256 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	CCDC93	Q567U6	631 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PUF60-222	ENST00000533362	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	28.26	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	28.25	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	28.25	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	28.24	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	USP44	Q9H0E7	712 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	CSF1R	P07333	972 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	28.21	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	CHD4	Q14839	1912 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		28.2	■■■□□ 2.11
PUF60-222	ENST00000533362	GNAI3	P08754	354 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	FOXO4	P98177	505 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	SP8	Q8IXZ3	490 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	GREM2	Q9H772	168 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	SUCLG2	Q96I99	432 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	ITGA6	P23229	1130 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	FAM161A	Q3B820	660 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	28.16	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	TNN	Q9UQP3	1299 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	NFKBIE	O00221	500 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	PSMD1	Q99460	953 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	UTRN	P46939	3433 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	LMNB1	P20700	586 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PUF60-222	ENST00000533362	RASSF7	Q02833	373 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	KAZALD1	Q96I82	304 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	MEIS3	Q99687	375 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	TAF1	P21675	1872 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	SNED1	Q8TER0	1413 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	OLFM4	Q6UX06	510 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	MPND	Q8N594	471 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	PDE3A	Q14432	1141 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	28.11	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	RLBP1	P12271	317 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	RNF181	Q9P0P0	153 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	GNAI2	P04899	355 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	VPS33B	Q9H267	617 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	PANK1	Q8TE04	598 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PUF60-222	ENST00000533362	COL4A1	P02462	1669 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	SBF1	O95248	1867 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	PLIN1	O60240	522 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	YY1	P25490	414 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	28.06	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	XDH	P47989	1333 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PUF60-222	ENST00000533362	SPEF2	Q9C093	1822 aa		28.05	■■■□□ 2.08

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 64.1 ms