RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	GABRG1	Q8N1C3	465 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF614	Q8N883	585 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	TOR1AIP2	Q8NFQ8	470 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4A15	Q8NGL6	344 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP90	Q8TF47	636 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	CPNE4	Q96A23	557 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ZC3HAV1L	Q96H79	300 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	MRGPRX4	Q96LA9	322 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM204	Q9BSN7	226 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	NUF2	Q9BZD4	464 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	DPY30	Q9C005	99 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	OR51I1	Q9H343	314 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	PNPO	Q9NVS9	261 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	MKLN1	Q9UL63	735 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	DNHD1	Q96M86	4753 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP6	Q13023	2319 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	MED13L	Q71F56	2210 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS51	A0A1B0GVH4	220 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	MBD3L2B	A0A1B0GVZ6	204 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PNR3	127 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BNH8	94 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM11	O75078	769 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SNUPN	O95149	360 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	NUDT14	O95848	222 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	OR12D1	P0DN82	309 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP3CB	P16298	524 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	EDNRA	P25101	427 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	IL12A	P29459	219 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	CTBP2	P56545	445 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	NKX6-1	P78426	367 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	BST1	Q10588	318 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SELENBP1	Q13228	472 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM176B	Q3YBM2	270 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP85L	Q5SZL2	805 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	TYW3	Q6IPR3	259 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SEZ6L2	Q6UXD5	910 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD46	Q86W74	232 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC75A-AS1	Q8N1F1	130 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	NEURL3	Q96EH8	262 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC115	Q96NT0	180 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTR6	Q9GZN1	396 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	LAT2	Q9GZY6	243 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	QRSL1	Q9H0R6	528 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10A4	Q9H209	315 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf49	Q9H741	205 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	UBTD1	Q9HAC8	227 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	GP6	Q9HCN6	339 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	AIG1	Q9NVV5	245 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL13	Q9P2N7	655 aa		10.65	□□□□□ -0.7
PTPRF-211	ENST00000467464	PCNX3	Q9H6A9	2034 aa		10.65	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP1A	P78559	2803 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	C2CD3	Q4AC94	2353 aa		10.65	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV3-15	A0A0B4J1V0	119 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	DUXA	A6NLW8	204 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464		C9JVG2	144 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464		E9PBE3	544 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GTPBP1	O00178	669 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAD9	O15198	467 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SNN	O75324	88 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	STX11	O75558	287 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PLAU	P00749	431 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	LBP	P18428	481 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ENPP1	P22413	925 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	UQCRC2	P22695	453 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PGM1	P36871	562 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	STX3	Q13277	289 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CBFB	Q13951	182 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR68	Q15743	365 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	DPY19L1	Q2PZI1	675 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	C3orf33	Q6P1S2	294 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFAIP8L2	Q6P589	184 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	BEND4	Q6ZU67	534 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FCRLA	Q7L513	359 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RFWD2	Q8NHY2	731 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	OIT3	Q8WWZ8	545 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF75CP	Q92670	426 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB8B	Q92930	207 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZG16B	Q96DA0	208 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SMR3A	Q99954	134 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PSD2	Q9BQI7	771 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	BCO1	Q9HAY6	547 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR52	Q9Y2T5	361 aa		10.64	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GJE1	A6NN92	205 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF814	B7Z6K7	855 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGN4	O00479	90 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKD3	O94806	890 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CPSF4	O95639	269 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CSTA	P01040	98 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CCR4	P51679	360 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CLNS1A	P54105	237 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SESN3	P58005	492 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RAC3	P60763	192 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	UFM1	P61960	85 aa		10.63	□□□□□ -0.71

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40 ms