Protein–RNA interactions for Protein: Q6IRU2

Tpm4, Tropomyosin alpha-4 chain, mousemouse

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Tpm4Q6IRU2 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC38.93■■■■□ 3.82
Tpm4Q6IRU2 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
Tpm4Q6IRU2 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
Tpm4Q6IRU2 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
Tpm4Q6IRU2 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Tpm4Q6IRU2 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
Tpm4Q6IRU2 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Tpm4Q6IRU2 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC35.11■■■■□ 3.21
Tpm4Q6IRU2 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
Tpm4Q6IRU2 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC34.89■■■■□ 3.18
Tpm4Q6IRU2 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Tpm4Q6IRU2 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
Tpm4Q6IRU2 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Tpm4Q6IRU2 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
Tpm4Q6IRU2 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
Tpm4Q6IRU2 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Tpm4Q6IRU2 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Tpm4Q6IRU2 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Tpm4Q6IRU2 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Tpm4Q6IRU2 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
Tpm4Q6IRU2 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
Tpm4Q6IRU2 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Tpm4Q6IRU2 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Tpm4Q6IRU2 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Tpm4Q6IRU2 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Tpm4Q6IRU2 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Tpm4Q6IRU2 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
Tpm4Q6IRU2 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Tpm4Q6IRU2 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Tpm4Q6IRU2 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Tpm4Q6IRU2 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
Tpm4Q6IRU2 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Tpm4Q6IRU2 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Tpm4Q6IRU2 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Tpm4Q6IRU2 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC32.7■■■□□ 2.83
Tpm4Q6IRU2 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
Tpm4Q6IRU2 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
Tpm4Q6IRU2 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
Tpm4Q6IRU2 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Tpm4Q6IRU2 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Tpm4Q6IRU2 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Tpm4Q6IRU2 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Tpm4Q6IRU2 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
Tpm4Q6IRU2 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
Tpm4Q6IRU2 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC32.2■■■□□ 2.75
Tpm4Q6IRU2 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Tpm4Q6IRU2 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Tpm4Q6IRU2 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
Tpm4Q6IRU2 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Tpm4Q6IRU2 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
Tpm4Q6IRU2 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
Tpm4Q6IRU2 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
Tpm4Q6IRU2 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
Tpm4Q6IRU2 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC31.66■■■□□ 2.66
Tpm4Q6IRU2 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
Tpm4Q6IRU2 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
Tpm4Q6IRU2 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
Tpm4Q6IRU2 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
Tpm4Q6IRU2 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC31.5■■■□□ 2.63
Tpm4Q6IRU2 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
Tpm4Q6IRU2 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
Tpm4Q6IRU2 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
Tpm4Q6IRU2 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
Tpm4Q6IRU2 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
Tpm4Q6IRU2 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
Tpm4Q6IRU2 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
Tpm4Q6IRU2 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
Tpm4Q6IRU2 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
Tpm4Q6IRU2 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.13■■■□□ 2.57
Tpm4Q6IRU2 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Tpm4Q6IRU2 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
Tpm4Q6IRU2 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
Tpm4Q6IRU2 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
Tpm4Q6IRU2 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Tpm4Q6IRU2 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Tpm4Q6IRU2 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
Tpm4Q6IRU2 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
Tpm4Q6IRU2 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Tpm4Q6IRU2 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
Tpm4Q6IRU2 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
Tpm4Q6IRU2 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
Tpm4Q6IRU2 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
Tpm4Q6IRU2 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Tpm4Q6IRU2 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
Tpm4Q6IRU2 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
Tpm4Q6IRU2 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC30.48■■■□□ 2.47
Tpm4Q6IRU2 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
Tpm4Q6IRU2 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
Tpm4Q6IRU2 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Tpm4Q6IRU2 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.7 ms