Protein–RNA interactions for Protein: P70354

Msx3, Homeobox protein MSX-3, mousemouse

Predictions only

Length 204 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx3P70354 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC37.28■■■■□ 3.56
Msx3P70354 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Msx3P70354 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
Msx3P70354 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Msx3P70354 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Msx3P70354 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Msx3P70354 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
Msx3P70354 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
Msx3P70354 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Msx3P70354 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
Msx3P70354 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Msx3P70354 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Msx3P70354 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
Msx3P70354 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
Msx3P70354 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
Msx3P70354 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
Msx3P70354 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
Msx3P70354 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
Msx3P70354 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
Msx3P70354 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
Msx3P70354 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
Msx3P70354 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
Msx3P70354 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
Msx3P70354 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
Msx3P70354 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
Msx3P70354 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
Msx3P70354 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
Msx3P70354 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
Msx3P70354 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
Msx3P70354 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Msx3P70354 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Msx3P70354 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Msx3P70354 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
Msx3P70354 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
Msx3P70354 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
Msx3P70354 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Msx3P70354 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
Msx3P70354 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
Msx3P70354 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
Msx3P70354 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30.57■■■□□ 2.48
Msx3P70354 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
Msx3P70354 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
Msx3P70354 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Msx3P70354 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
Msx3P70354 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Msx3P70354 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Msx3P70354 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
Msx3P70354 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Msx3P70354 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Msx3P70354 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Msx3P70354 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Msx3P70354 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Msx3P70354 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Msx3P70354 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Msx3P70354 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Msx3P70354 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
Msx3P70354 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Msx3P70354 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Msx3P70354 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Msx3P70354 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Msx3P70354 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Msx3P70354 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
Msx3P70354 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Msx3P70354 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Msx3P70354 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Msx3P70354 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Msx3P70354 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Msx3P70354 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
Msx3P70354 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Msx3P70354 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
Msx3P70354 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Msx3P70354 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Msx3P70354 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Msx3P70354 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Msx3P70354 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Msx3P70354 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Msx3P70354 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Msx3P70354 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Msx3P70354 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Msx3P70354 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Msx3P70354 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Msx3P70354 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Msx3P70354 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Msx3P70354 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Msx3P70354 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Msx3P70354 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Msx3P70354 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Msx3P70354 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Msx3P70354 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Msx3P70354 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Msx3P70354 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Msx3P70354 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Msx3P70354 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Msx3P70354 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Msx3P70354 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Msx3P70354 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Msx3P70354 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Msx3P70354 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Msx3P70354 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Msx3P70354 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 84.9 ms