Protein–RNA interactions for Protein: P40645

Sox6, Transcription factor SOX-6, mousemouse

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox6P40645 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
Sox6P40645 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Sox6P40645 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
Sox6P40645 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Sox6P40645 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Sox6P40645 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Sox6P40645 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Sox6P40645 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
Sox6P40645 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
Sox6P40645 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Sox6P40645 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
Sox6P40645 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
Sox6P40645 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
Sox6P40645 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Sox6P40645 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Sox6P40645 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Sox6P40645 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Sox6P40645 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Sox6P40645 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Sox6P40645 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Sox6P40645 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Sox6P40645 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Sox6P40645 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Sox6P40645 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Sox6P40645 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Sox6P40645 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Sox6P40645 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Sox6P40645 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Sox6P40645 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Sox6P40645 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Sox6P40645 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Sox6P40645 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Sox6P40645 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Sox6P40645 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Sox6P40645 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Sox6P40645 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Sox6P40645 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Sox6P40645 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Sox6P40645 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Sox6P40645 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Sox6P40645 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Sox6P40645 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Sox6P40645 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Sox6P40645 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Sox6P40645 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Sox6P40645 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Sox6P40645 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
Sox6P40645 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Sox6P40645 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Sox6P40645 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Sox6P40645 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Sox6P40645 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Sox6P40645 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Sox6P40645 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Sox6P40645 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Sox6P40645 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Sox6P40645 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Sox6P40645 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Sox6P40645 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Sox6P40645 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Sox6P40645 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Sox6P40645 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Sox6P40645 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
Sox6P40645 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Sox6P40645 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Sox6P40645 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Sox6P40645 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Sox6P40645 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Sox6P40645 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Sox6P40645 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
Sox6P40645 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Sox6P40645 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Sox6P40645 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Sox6P40645 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
Sox6P40645 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Sox6P40645 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Sox6P40645 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Sox6P40645 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Sox6P40645 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Sox6P40645 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Sox6P40645 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Sox6P40645 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Sox6P40645 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Sox6P40645 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Sox6P40645 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Sox6P40645 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Sox6P40645 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Sox6P40645 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
Sox6P40645 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Sox6P40645 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Sox6P40645 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Sox6P40645 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Sox6P40645 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Sox6P40645 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Sox6P40645 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Sox6P40645 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Sox6P40645 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Sox6P40645 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Sox6P40645 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Sox6P40645 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.1 ms