Protein–RNA interactions for Protein: P20040

H-2 class II histocompatibility antigen, E-Q beta chain, mousemouse

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Length 264 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
P20040 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
P20040 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
P20040 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
P20040 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
P20040 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
P20040 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
P20040 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
P20040 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
P20040 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
P20040 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
P20040 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
P20040 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
P20040 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
P20040 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
P20040 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
P20040 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
P20040 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
P20040 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
P20040 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
P20040 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
P20040 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
P20040 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
P20040 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
P20040 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
P20040 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
P20040 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
P20040 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
P20040 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
P20040 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
P20040 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
P20040 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
P20040 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
P20040 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
P20040 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
P20040 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
P20040 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
P20040 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
P20040 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
P20040 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
P20040 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
P20040 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
P20040 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
P20040 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
P20040 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
P20040 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
P20040 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
P20040 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
P20040 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
P20040 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
P20040 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
P20040 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
P20040 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
P20040 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
P20040 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
P20040 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
P20040 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
P20040 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
P20040 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
P20040 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
P20040 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
P20040 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
P20040 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
P20040 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
P20040 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
P20040 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
P20040 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
P20040 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
P20040 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
P20040 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
P20040 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
P20040 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
P20040 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
P20040 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
P20040 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
P20040 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
P20040 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
P20040 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
P20040 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
P20040 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
P20040 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
P20040 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
P20040 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
P20040 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
P20040 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
P20040 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
P20040 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
P20040 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
P20040 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
P20040 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
P20040 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
P20040 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
P20040 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
P20040 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
P20040 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
P20040 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
P20040 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
P20040 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
P20040 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
P20040 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
P20040 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
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