Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SNORA3A-201ENST00000364113 130 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 RNA5SP37-201ENST00000365420 130 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 RNU6-540P-201ENST00000384622 101 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 SNORD77.2-201ENST00000391045 68 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 RNU7-106P-201ENST00000459514 67 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 Y_RNA.681-201ENST00000516445 113 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 RNU1-40P-201ENST00000516816 164 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 RNU1-97P-201ENST00000516872 164 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 AC104996.3-201ENST00000590718 94 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
TRIM28Q13263 LINC00643-201ENST00000334389 3247 ntTSL 2 BASIC2.34□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SMARCAD1-201ENST00000354268 4912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 OR2L2-202ENST00000641771 4300 ntAPPRIS P1 BASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.283-201ENST00000364798 112 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR563-201ENST00000385080 79 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR653-201ENST00000385279 96 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR1302-7-201ENST00000408841 72 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNA5SP100-201ENST00000410903 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNA5SP59-201ENST00000410922 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC074348.1-201ENST00000426503 132 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC003989.2-201ENST00000440224 169 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 5S_rRNA.3-201ENST00000517021 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 5S_rRNA.19-201ENST00000612131 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR6740-201ENST00000618268 113 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 5S_rRNA.18-201ENST00000621941 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AL596028.1-201ENST00000326971 197 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIRLET7F1-201ENST00000362202 87 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU5F-1-201ENST00000362507 117 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.491-201ENST00000384417 107 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-649P-201ENST00000384463 107 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-1254P-201ENST00000391266 104 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC079804.2-201ENST00000490376 200 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-807P-201ENST00000516805 107 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AP000942.3-201ENST00000603702 160 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR1297-201ENST00000637311 77 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 PI15-201ENST00000260113 6732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 ATP11C-202ENST00000361648 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 ASPM-202ENST00000367408 3747 ntTSL 1 (best) BASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR30D-201ENST00000362283 70 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-587P-201ENST00000391282 106 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNA5SP270-201ENST00000411361 118 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 snoU13.17-201ENST00000458802 104 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-250P-201ENST00000516958 103 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 KIF20B-202ENST00000371728 6419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.31□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 ZNF654-201ENST00000309495 4957 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-208P-201ENST00000362431 107 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.205-201ENST00000364128 113 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-243P-201ENST00000391140 107 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC015818.7-201ENST00000428754 109 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.676-201ENST00000516393 96 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SNORA31.17-201ENST00000516953 127 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-303P-201ENST00000517091 106 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR3192-201ENST00000584920 77 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 TBL1XR1-208ENST00000430069 7948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-957P-201ENST00000363652 99 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 MIR194-1-201ENST00000384892 85 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-717P-201ENST00000459076 104 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SNORA4-201ENST00000584302 138 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 uc_338.6-201ENST00000613544 171 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 NEAT1_2.1-201ENST00000620525 105 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-1123P-201ENST00000362347 106 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-330P-201ENST00000363015 107 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.264-201ENST00000364665 102 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SNORD115-31-201ENST00000365318 82 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-800P-201ENST00000384473 103 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 TRAJ49-201ENST00000390488 56 ntAPPRIS P1 BASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 RNU6-360P-201ENST00000390944 104 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SNORD30.1-201ENST00000391309 70 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.596-201ENST00000410462 109 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC245517.4-201ENST00000448601 281 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 CERS6-AS1-202ENST00000594898 499 ntTSL 5 BASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 AC084768.2-201ENST00000622736 221 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 CALCRL-201ENST00000392370 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 DYNC2H1-203ENST00000398093 12945 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 SCN7A-201ENST00000409855 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.28□□□□□ -2.04
TRIM28Q13263 Y_RNA.12-201ENST00000362393 112 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 MIR17-201ENST00000385012 84 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 IL6ST-207ENST00000396816 168 ntTSL 1 (best) BASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 AC004965.1-201ENST00000413033 213 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 RNA5SP233-201ENST00000459153 113 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 RNU7-193P-201ENST00000516723 65 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 SNORD92-201ENST00000585078 85 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 BRDT-206ENST00000402388 3125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 RNU6-1241P-201ENST00000384536 107 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 MIR518E-201ENST00000385252 88 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 MIR548U-201ENST00000390728 81 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 HMGN2P38-201ENST00000423806 265 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 AC022596.1-201ENST00000582895 302 ntTSL 5 BASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 AL357312.1-201ENST00000603879 298 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 AL096861.1-201ENST00000610899 123 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 U6.111-201ENST00000636093 83 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 SNORA25.3-201ENST00000363205 127 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 SNORD41-201ENST00000386967 70 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 SNORA17.3-201ENST00000391159 129 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 snoU13.25-201ENST00000458945 104 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 RNU6-531P-201ENST00000516694 104 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 YWHAEP2-201ENST00000580066 112 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 YWHAEP3-201ENST00000582767 121 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 LIFR-201ENST00000263409 10089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.25□□□□□ -2.05
TRIM28Q13263 ENAM-201ENST00000396073 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.25□□□□□ -2.05
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