Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Msx1P13297 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Msx1P13297 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Msx1P13297 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Msx1P13297 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Msx1P13297 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Msx1P13297 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Msx1P13297 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Msx1P13297 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Msx1P13297 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Msx1P13297 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Msx1P13297 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Msx1P13297 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Msx1P13297 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Msx1P13297 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Msx1P13297 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Msx1P13297 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Msx1P13297 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Msx1P13297 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Msx1P13297 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Msx1P13297 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.6 ms