Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc3Q9D6Y1 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ccdc3Q9D6Y1 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ccdc3Q9D6Y1 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ccdc3Q9D6Y1 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ccdc3Q9D6Y1 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
Ccdc3Q9D6Y1 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ccdc3Q9D6Y1 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Ccdc3Q9D6Y1 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 82.4 ms