Protein–RNA interactions for Protein: P41105

Rpl28, 60S ribosomal protein L28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rpl28P41105 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Rpl28P41105 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rpl28P41105 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Rpl28P41105 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Rpl28P41105 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rpl28P41105 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Rpl28P41105 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms