Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col5a1O88207 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col5a1O88207 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col5a1O88207 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col5a1O88207 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col5a1O88207 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col5a1O88207 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col5a1O88207 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col5a1O88207 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col5a1O88207 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col5a1O88207 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col5a1O88207 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Col5a1O88207 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.5 ms