Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.58
Scn4aQ9ER60 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC37.38■■■■□ 3.58
Scn4aQ9ER60 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
Scn4aQ9ER60 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC37.31■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC37.26■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
Scn4aQ9ER60 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
Scn4aQ9ER60 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
Scn4aQ9ER60 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC37.22■■■■□ 3.55
Scn4aQ9ER60 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC37.22■■■■□ 3.55
Scn4aQ9ER60 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
Scn4aQ9ER60 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
Scn4aQ9ER60 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
Scn4aQ9ER60 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Scn4aQ9ER60 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
Scn4aQ9ER60 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC37.15■■■■□ 3.54
Scn4aQ9ER60 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC37.12■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
Scn4aQ9ER60 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
Scn4aQ9ER60 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC37.06■■■■□ 3.52
Scn4aQ9ER60 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
Scn4aQ9ER60 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
Scn4aQ9ER60 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC37.01■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
Scn4aQ9ER60 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.89■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
Scn4aQ9ER60 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
Scn4aQ9ER60 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC36.84■■■■□ 3.49
Scn4aQ9ER60 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC36.83■■■■□ 3.49
Scn4aQ9ER60 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.8■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC36.78■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Scn4aQ9ER60 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.7■■■■□ 3.47
Scn4aQ9ER60 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Scn4aQ9ER60 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Scn4aQ9ER60 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.46
Scn4aQ9ER60 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.63■■■■□ 3.45
Scn4aQ9ER60 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC36.63■■■■□ 3.45
Scn4aQ9ER60 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
Scn4aQ9ER60 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC36.63■■■■□ 3.45
Scn4aQ9ER60 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
Scn4aQ9ER60 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
Scn4aQ9ER60 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
Scn4aQ9ER60 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
Scn4aQ9ER60 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
Scn4aQ9ER60 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
Scn4aQ9ER60 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
Scn4aQ9ER60 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
Scn4aQ9ER60 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC36.45■■■■□ 3.43
Scn4aQ9ER60 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.42
Scn4aQ9ER60 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
Scn4aQ9ER60 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
Scn4aQ9ER60 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms