Protein–RNA interactions for Protein: P13705

Msh3, DNA mismatch repair protein Msh3, mousemouse

Predictions only

Length 1,091 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msh3P13705 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
Msh3P13705 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Msh3P13705 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Msh3P13705 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Msh3P13705 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Msh3P13705 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
Msh3P13705 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Msh3P13705 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Msh3P13705 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Msh3P13705 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Msh3P13705 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Msh3P13705 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Msh3P13705 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Msh3P13705 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Msh3P13705 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Msh3P13705 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Msh3P13705 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Msh3P13705 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Msh3P13705 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Msh3P13705 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Msh3P13705 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Msh3P13705 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Msh3P13705 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.6 ms