Protein–RNA interactions for Protein: Q9EQM3

Nkx2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, mousemouse

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx2-4Q9EQM3 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Nkx2-4Q9EQM3 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Nkx2-4Q9EQM3 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
Nkx2-4Q9EQM3 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Nkx2-4Q9EQM3 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Nkx2-4Q9EQM3 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Nkx2-4Q9EQM3 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Nkx2-4Q9EQM3 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Nkx2-4Q9EQM3 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Nkx2-4Q9EQM3 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Nkx2-4Q9EQM3 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Nkx2-4Q9EQM3 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Nkx2-4Q9EQM3 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Nkx2-4Q9EQM3 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Nkx2-4Q9EQM3 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Nkx2-4Q9EQM3 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
Nkx2-4Q9EQM3 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Nkx2-4Q9EQM3 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Nkx2-4Q9EQM3 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Nkx2-4Q9EQM3 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Nkx2-4Q9EQM3 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Nkx2-4Q9EQM3 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Nkx2-4Q9EQM3 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Nkx2-4Q9EQM3 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Nkx2-4Q9EQM3 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
Nkx2-4Q9EQM3 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
Nkx2-4Q9EQM3 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Nkx2-4Q9EQM3 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Nkx2-4Q9EQM3 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Nkx2-4Q9EQM3 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Nkx2-4Q9EQM3 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Nkx2-4Q9EQM3 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Nkx2-4Q9EQM3 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Nkx2-4Q9EQM3 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Nkx2-4Q9EQM3 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
Nkx2-4Q9EQM3 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Nkx2-4Q9EQM3 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Nkx2-4Q9EQM3 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Nkx2-4Q9EQM3 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Nkx2-4Q9EQM3 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
Nkx2-4Q9EQM3 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Nkx2-4Q9EQM3 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Nkx2-4Q9EQM3 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Nkx2-4Q9EQM3 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
Nkx2-4Q9EQM3 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Nkx2-4Q9EQM3 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Nkx2-4Q9EQM3 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Nkx2-4Q9EQM3 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Nkx2-4Q9EQM3 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Nkx2-4Q9EQM3 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Nkx2-4Q9EQM3 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Nkx2-4Q9EQM3 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Nkx2-4Q9EQM3 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Nkx2-4Q9EQM3 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Nkx2-4Q9EQM3 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Nkx2-4Q9EQM3 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Nkx2-4Q9EQM3 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Nkx2-4Q9EQM3 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Nkx2-4Q9EQM3 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Nkx2-4Q9EQM3 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Nkx2-4Q9EQM3 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Nkx2-4Q9EQM3 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Nkx2-4Q9EQM3 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Nkx2-4Q9EQM3 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Nkx2-4Q9EQM3 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.4 ms