Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CtcfQ61164 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CtcfQ61164 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CtcfQ61164 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 110.8 ms