RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477334.1

RBM39-231, Transcript of RNA binding motif protein 39, human

TSL 2

Gene RBM39, Length 949 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RBM39-231	ENST00000477334	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	FBXO42	Q6P3S6	717 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	TLDC1	Q6P9B6	456 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	BCDIN3D	Q7Z5W3	292 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ADGRG3	Q86Y34	549 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	PNPLA1	Q8N8W4	532 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	FAM71D	Q8N9W8	422 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	EIF3C	Q99613	913 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	NUDT22	Q9BRQ3	303 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SAP30L	Q9HAJ7	183 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	PTGFRN	Q9P2B2	879 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SERGEF	Q9UGK8	458 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	IFRD1	O00458	451 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	DHH	O43323	396 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	PRAMEF2	O60811	474 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ITGA5	P08648	1049 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ZNF37A	P17032	561 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SERPINF1	P36955	418 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	RENBP	P51606	427 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	DGKQ	P52824	942 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SEMA3B	Q13214	749 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	DNASE1L3	Q13609	305 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	CSHL1	Q14406	222 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	PDCD2	Q16342	344 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	TMEM119	Q4V9L6	283 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ANO1	Q5XXA6	986 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	LIN54	Q6MZP7	749 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	MSANTD2	Q6P1R3	559 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SERPINA13P	Q6UXR4	307 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	CACNA2D3	Q8IZS8	1091 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	MYCT1	Q8N699	235 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	DDX51	Q8N8A6	666 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	OR1N1	Q8NGS0	311 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	MAFA	Q8NHW3	353 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SNX18	Q96RF0	628 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	VPS45	Q9NRW7	570 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ASIC5	Q9NY37	505 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	ARHGEF17	Q96PE2	2063 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RBM39-231	ENST00000477334	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CER1	O95813	267 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	ITGA2B	P08514	1039 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	NHLRC4	P0CG21	123 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	TMIGD3	P0DMS9	266 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	ALAD	P13716	330 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	GALNS	P34059	522 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	ELL	P55199	621 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	GPC5	P78333	572 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	BTBD16	Q32M84	506 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CCDC144NL	Q6NUI1	221 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	NRSN1	Q8IZ57	195 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	C12orf76	Q8N812	135 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	FAM98A	Q8NCA5	519 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MORC4	Q8TE76	937 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MCRS1	Q96EZ8	462 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	HS6ST2	Q96MM7	605 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CINP	Q9BW66	212 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	SORBS1	Q9BX66	1292 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MAGEH1	Q9H213	219 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	TP63	Q9H3D4	680 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CCDC187	A0A096LP49	1063 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	LOC105378220	A0A1B0GUY1	285 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334		M0QZQ0	153 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	FYB1	O15117	783 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CTIF	O43310	598 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	GCAT	O75600	419 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MT-CO3	P00414	261 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	RAE1	P78406	368 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MRPS21	P82921	87 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CFHR3	Q02985	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	MFSD13A	Q14CX5	517 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	TIGD6	Q17RP2	521 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	FCRLB	Q6BAA4	426 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	KLHL17	Q6TDP4	642 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	RD3	Q7Z3Z2	195 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	SLC22A17	Q8WUG5	538 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CCT6B	Q92526	530 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	EID2B	Q96D98	161 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	CCDC17	Q96LX7	622 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RBM39-231	ENST00000477334	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 135.1 ms