RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	RAB20	Q9NX57	234 aa		13.48	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	DNAJB4	Q9UDY4	337 aa		13.48	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		13.48	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	MRPL42	Q9Y6G3	142 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ANO9	A1A5B4	782 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TADA2A	O75478	443 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	HLA-DRA	P01903	254 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TAF6	P49848	677 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TNNC1	P63316	161 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	EXOC3L4	Q17RC7	722 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	KCNT2	Q6UVM3	1135 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TAS1R2	Q8TE23	839 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	HPDL	Q96IR7	371 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM84A	Q96KN4	292 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	IFNK	Q9P0W0	207 aa		13.47	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.46	□□□□□ -0.25	1e-7	■■■■■ 172.3
ABCD4-223	ENST00000555904	CIT	O14578	2027 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904		A0A1B0GTH6	734 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PIR	O00625	290 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	NRP1	O14786	923 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	CA3	P07451	260 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC11A1	P49279	550 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	MYL6	P60660	151 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM109B	Q6ICB4	259 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	COLGALT1	Q8NBJ5	622 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM169	Q96HH4	297 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SAMD11	Q96NU1	681 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM5	Q9C035	493 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	CWH43	Q9H720	699 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SPG21	Q9NZD8	308 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	HCST	Q9UBK5	93 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	STK39	Q9UEW8	545 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	SIX4	Q9UIU6	781 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	LCHN	A4D1U4	455 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LINC01553	A4QN01	128 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	KPNA7	A9QM74	516 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM189-UBE2V1	I3L0A0	370 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	B4GALT3	O60512	393 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	KIF4A	O95239	1232 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ASS1	P00966	412 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	GALT	P07902	379 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CTNNB1	P35222	781 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PBX3	P40426	434 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT17	Q04695	432 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF667	Q5HYK9	610 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SARM1	Q6SZW1	724 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DSTYK	Q6XUX3	929 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	APTX	Q7Z2E3	356 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	HASPIN	Q8TF76	798 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	RABGGTA	Q92696	567 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NT5C1B	Q96P26	610 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CRACR2A	Q9BSW2	395 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PLVAP	Q9BX97	442 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PBX4	Q9BYU1	374 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	INTS2	Q9H0H0	1204 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PRO3102	Q9H379	93 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NT5C1B-RDH14	C9J2C7	533 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PPEF2	O14830	753 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	HUS1	O60921	280 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	VNN1	O95497	513 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ODC1	P11926	461 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MYOG	P15173	224 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DNAJB2	P25686	324 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LILRA4	P59901	499 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	GSE1	Q14687	1217 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SYCP1	Q15431	976 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ANP32B	Q92688	251 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM81B	Q96LP2	452 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MMS19	Q96T76	1030 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	C11orf84	Q9BUA3	381 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	XPO4	Q9C0E2	1151 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		13.44	□□□□□ -0.26

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