RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 RBM47A0AV96 593 aaKnown RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 PIK3CDO00329 1044 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CAPN15O75808 1086 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 EDNRBP24530 442 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 SETDB1Q15047 1291 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 BRD3Q15059 726 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 PPP1R18Q6NYC8 613 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 UBE2Q1Q7Z7E8 422 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 HNRNPLLQ8WVV9 542 aaKnown RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CRYGNQ8WXF5 182 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 OTUD5Q96G74 571 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 JPH2Q9BR39 696 aaPredicted RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 FRMD4AQ9P2Q2 1039 aaPredicted RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 ABT1Q9ULW3 272 aaKnown RBP8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 TNKSO95271 1327 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 MYH7BA7E2Y1 1941 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 F5H6K3 240 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 ERLIN2O94905 339 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 GJB2P29033 226 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 KLRC3Q07444 240 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 ADCK5Q3MIX3 580 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 ISM2Q6H9L7 571 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CLIC6Q96NY7 704 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 YIPF2Q9BWQ6 316 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 EPC1Q9H2F5 836 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 ZFYVE28Q9HCC9 887 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 M0R2N6 131 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 GPR25O00155 361 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 SLC25A27O95847 323 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CALM1P0DP23 149 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CALM2P0DP24 149 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 CALM3P0DP25 149 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 PYGBP11216 843 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 OSBPP22059 807 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 AK2P54819 239 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 RWDD2BP57060 319 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 HERVK_113P62684 666 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 PLEKHA4Q9H4M7 779 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 HOXC10Q9NYD6 342 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 BTBD7Q9P203 1132 aa8.59□□□□□ -1.03
USP4-211ENST00000485450 URI1O94763 535 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 OATP04181 439 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CLK2P49760 499 aaKnown RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HSD17B4P51659 736 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 PDIA5Q14554 519 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 COG2Q14746 738 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 PREPLQ4J6C6 727 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 WLSQ5T9L3 541 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 AP1ARQ63HQ0 302 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 WWC2Q6AWC2 1192 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 TLDC1Q6P9B6 456 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HOMER1Q86YM7 354 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CLEC4DQ8WXI8 215 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 N4BP2L2Q92802 583 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SH3GL3Q99963 347 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 PAIP2Q9BPZ3 127 aaKnown RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SCAND2PQ9GZW5 306 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 PDE11AQ9HCR9 933 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 BIN2Q9UBW5 565 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 OPLAHO14841 1288 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ICAM1P05362 532 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SPP2Q13103 211 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ZNF792Q3KQV3 632 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 NFXL1Q6ZNB6 911 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 C11orf57Q6ZUT1 292 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 C3orf20Q8ND61 904 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 MROH8Q9H579 483 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 RPAP3Q9H6T3 665 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 TXNRD2Q9NNW7 524 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 INCENPQ9NQS7 918 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HTTP42858 3142 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CNTNAP5Q8WYK1 1306 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ESYT2A0FGR8 921 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SKAP2O75563 359 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
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USP4-211ENST00000485450 TSPY3P0CV98 308 aa8.58□□□□□ -1.04
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USP4-211ENST00000485450 RGS19P49795 217 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HTRA3P83110 453 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CRYMQ14894 314 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ARMCX5Q6P1M9 558 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 DHX40Q8IX18 779 aaKnown RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ZNF444Q8N0Y2 327 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 NEK1Q96PY6 1258 aa8.58□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SLC15A5A6NIM6 579 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 ZSCAN9O15535 394 aaPredicted RBP8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 NR1I2O75469 434 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 MAPK4P31152 587 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 TMEM132BQ14DG7 1078 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 STX1AQ16623 288 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 HDXQ7Z353 690 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 CHST13Q8NET6 341 aa8.57□□□□□ -1.04
USP4-211ENST00000485450 SLF1Q9BQI6 1058 aa8.57□□□□□ -1.04
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