RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000254667.7

PTPRE-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type E, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRE, Length 5,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRE-201ENST00000254667 TNNC2P02585 160 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 FAM160B1Q5W0V3 765 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 TMED8Q6PL24 325 aaPredicted RBP20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 KRT27Q7Z3Y8 459 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 SEC31BQ9NQW1 1179 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 PTPN12Q05209 780 aaKnown RBP20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 CLEC4GQ6UXB4 293 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 ARHGAP27Q6ZUM4 889 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 RASEFQ8IZ41 740 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 RDH13Q8NBN7 331 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 SYMPKQ92797 1274 aaKnown RBP20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 MRFAP1L1Q96HT8 127 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 ITIH3Q06033 890 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 UNC5CLQ8IV45 518 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC110Q8TBZ0 833 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 GSDMAQ96QA5 445 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 CSRNP1Q96S65 589 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 C1orf112Q9NSG2 853 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 DTNBO60941 627 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 FYB2Q5VWT5 728 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 GADL1Q6ZQY3 521 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 INTS8Q75QN2 995 aaKnown RBP20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC105Q8IYK2 499 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 RAB17Q9H0T7 212 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 POLR3EQ9NVU0 708 aa20.89■□□□□ 0.94
PTPRE-201ENST00000254667 RIOK3O14730 519 aaKnown RBP20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ATF7P17544 494 aaPredicted RBP20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 DMP1Q13316 513 aaPredicted RBP20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GPR162Q16538 588 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 AOC3Q16853 763 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 RABGAP1Q9Y3P9 1069 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ERCC3P19447 782 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 POLA2Q14181 598 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ADCK5Q3MIX3 580 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 METTL13Q8N6R0 699 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PIGBQ92521 554 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CARMIL3Q8ND23 1372 aa20.89■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM37O94972 964 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 RXRBP28702 533 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 U2AF1L4Q8WU68 220 aaKnown RBP20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 MYO1AQ9UBC5 1043 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 NACA2Q9H009 215 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SERPINB13Q9UIV8 391 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 TMOD1P28289 359 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SAR1BQ9Y6B6 198 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 KLHL7Q8IXQ5 586 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CLIC4Q9Y696 253 aa20.88■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 NDUFA8P51970 172 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 KIF22Q14807 665 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 B4GALNT4Q76KP1 1039 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 NSUN7Q8NE18 718 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 HOXA7P31268 230 aaPredicted RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 LONRF3Q496Y0 759 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CCT6BQ92526 530 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 FAM184BQ9ULE4 1060 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 VIMP08670 466 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PSMC4P43686 418 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ADAM9Q13443 819 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GRAPQ13588 217 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PLCB1Q9NQ66 1216 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ARAP3Q8WWN8 1544 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ADKP55263 362 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CCNA1P78396 465 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF589Q86UQ0 364 aaPredicted RBP20.87■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 YARSP54577 528 aaKnown RBP20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ARMCX5Q6P1M9 558 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 NCAPG2Q86XI2 1143 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 RIOK1Q9BRS2 568 aaKnown RBP20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM31Q9BZY9 425 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SERPINA10Q9UK55 444 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 LRMPQ12912 555 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SMC1BQ8NDV3 1235 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ATP6V0A1Q93050 837 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 CLIC6Q96NY7 704 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 H7C1W4 665 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PPP2R5AQ15172 486 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 ERCC6LQ2NKX8 1250 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 MYRIPQ8NFW9 859 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 JPH2Q9BR39 696 aaPredicted RBP20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PTCH1Q13635 1447 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 MYL1P05976 194 aa20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 SDAD1Q9NVU7 687 aaKnown RBP eCLIP20.86■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6CA6NDK9 693 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6DP0CG33 693 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 HPDP32754 393 aaPredicted RBP20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 AFAP1L2Q8N4X5 818 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 WDR11Q9BZH6 1224 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 HAUS4Q9H6D7 363 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6AQ9NYA3 693 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 PALLDQ8WX93 1383 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6BA6NDN3 693 aa20.85■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.5 ms