RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	IGHV1-58	A0A0C4DH39	117 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	TIRAP	P58753	221 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	IGHV3-30	P01768	117 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107		Q6ZTC4	211 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	LYRM9	A8MSI8	78 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	DEFB130B	P0DP73	79 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	DEFB130A	P0DP74	79 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00612	Q8N6U2	182 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	SPINK8	P0C7L1	97 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	ZFAND6	Q6FIF0	208 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	C10orf126	Q8N4M7	172 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM243	Q9BU79	118 aa		12.05	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	DAD1	P61803	113 aa		12.04	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107		A0A0J9YXY3	114 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	TEX48	A0A1B0GUV7	120 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	CDC42SE2	Q9NRR3	84 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	CDKN2A-AS1	Q9UH64	79 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	COX6A2	Q02221	97 aa		12.03	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	12.02	□□□□□ -0.48
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		12.02	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	UBE2L6	O14933	153 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	HERVK_113	P63121	156 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM238	C9JI98	176 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107		H7C423	109 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	APOM	O95445	188 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		12.01	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	CASC10	Q5T4H9	136 aa		12	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM101	Q96IK0	257 aa		12	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TENM2	Q9NT68	2774 aa		12	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	CFC1B	P0CG36	223 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	CFC1	P0CG37	223 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	HTN3	P15516	51 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	DEFB131B	A0A096LNP1	70 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	C3orf84	H3BNL1	204 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	MUSTN1	Q8IVN3	82 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	LITAF	Q99732	161 aa		11.99	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TRBV6-8	A0A0A6YYG3	113 aa		11.98	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV10	A0A0B4J240	114 aa		11.98	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	TSPAN13	O95857	204 aa		11.98	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107		A4D1N5	150 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	GAGE6	Q13070	117 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	NUPR2	A6NF83	97 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	ATP5G1	P05496	136 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-256	ENST00000637107	LYST	Q99698	3801 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	GYPE	P15421	78 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	SPANXD	Q9BXN6	97 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	SPANXC	Q9NY87	97 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107		F5H768	121 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	NDUFA1	O15239	70 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	EIF4EBP3	O60516	100 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	ADAMTSL4-AS1	Q5T5F5	129 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	ATP6V0E2	Q8NHE4	81 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	CHCHD5	Q9BSY4	110 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	PRO1854	Q9UHT4	67 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	PRO0255	Q9UI72	69 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	TIMM17B	O60830	172 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107		A0A0B4J2C4	111 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107		H3BMG7	143 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	MIA	Q16674	131 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	KLK5	Q9Y337	293 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	PRSS2	P07478	247 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-256	ENST00000637107	LOC107984156	A0A0G2JMH3	177 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	PAX4	O43316	350 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	RBX1	P62877	108 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	SFTA2	Q6UW10	78 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107		Q9H8V8	135 aa		11.9	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	IGHV3-33	P01772	117 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV26-1	A0A087WT03	109 aa		11.88	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107		F8W1H4	67 aa		11.88	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		11.88	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	LYRM7	Q5U5X0	104 aa		11.87	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	ERG28	Q9UKR5	140 aa		11.87	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	APLN	Q9ULZ1	77 aa		11.87	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107		K7ERU9	68 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	IFITM1	P13164	125 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	PSMB2	P49721	201 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	NPC2	P61916	151 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	WFDC2	Q14508	124 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107	PRO0461	Q9UI25	63 aa		11.86	□□□□□ -0.51
CLN3-256	ENST00000637107		A0A096LPF7	62 aa		11.86	□□□□□ -0.51

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