RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP161	Q6P656	301 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	NRAC	Q8N912	160 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	NUP35	Q8NFH5	326 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS3P2	Q8NHM4	247 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	MRAP2	Q96G30	205 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	ST20	Q9HBF5	79 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL25	O15444	150 aa		7.55	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	COX6A2	Q02221	97 aa		7.55	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	BORCS7	Q96B45	105 aa		7.55	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC42SE2	Q9NRR3	84 aa		7.55	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	XCL1	P47992	114 aa		7.54	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	SRSF3	P84103	164 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM241	Q24JQ0	296 aa		7.53	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A096LNI7	61 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PHOX2A	O14813	284 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RIG	Q13278	110 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SERTAD4-AS1	Q5TG53	156 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM101	Q96IK0	257 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	BTF3L4	Q96K17	158 aa		7.52	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV1-58	A0A0C4DH39	117 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MAJIN	Q3KP22	176 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM74A3	Q4VXF1	159 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CD164L2	Q6UWJ8	174 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZRU5	148 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	VCY	O14598	125 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ADIRF	Q15847	76 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM104A	Q969W3	186 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NAT8	Q9UHE5	227 aa		7.5	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TNXB	P22105	4242 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL32	P62910	135 aa	Known RBP	7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SS18	Q15532	418 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RNASE13	Q5GAN3	156 aa	Known RBP	7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	STPG4	Q8N801	248 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	DPH3	Q96FX2	82 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		7.49	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GXF2	115 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R17	O96001	155 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FCER1G	P30273	86 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZUT4	128 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CARD19	Q96LW7	228 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		7.48	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00862	A6NCI5	91 aa		7.47	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R2P9	O14990	202 aa		7.47	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CAMP	P49913	170 aa		7.47	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf33	Q8WU49	177 aa		7.47	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf78	Q9BR46	151 aa		7.47	□□□□□ -1.21
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GW15	77 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf196	B1AJZ1	125 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SYCN	Q0VAF6	134 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PEA15	Q15121	130 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	KIR2DL4	Q99706	377 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		7.46	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464		D6R8Y8	96 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	COX7A2L	O14548	114 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF6B	O95407	300 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		7.45	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NPY	P01303	97 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CKS2	P33552	79 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PTTG1IP	P53801	180 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	HBB	P68871	147 aa		7.44	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf38	Q86SI9	138 aa		7.43	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf48	Q96LS8	159 aa		7.43	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PNN7	141 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM18	Q96B42	140 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01600	Q96MT4	127 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LRP2	P98164	4655 aa		7.42	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV3OR16-9	A0A0B4J2B5	98 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464		F8W036	122 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TCAP	O15273	167 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MAL	P21145	153 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		7.41	□□□□□ -1.22
PTPRF-211	ENST00000467464	APOM	O95445	188 aa		7.4	□□□□□ -1.22

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 87.8 ms