RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	REG3A	Q06141	175 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf163	Q8N9P6	203 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	GATD1	Q8NB37	220 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPD6B	Q8NI32	183 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB104A	Q8WTQ1	72 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM243	Q9BU79	118 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		7.71	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	DGAT2L7P	Q6IED9	249 aa		7.7	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV26-2	A0A0B4J265	109 aa		7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM250	H0YL14	139 aa		7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXA3	P55318	350 aa	Predicted RBP	7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ALKAL2	Q6UX46	152 aa		7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP14	Q86UN6	197 aa		7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	AFDN-AS1	Q9Y6Z5	254 aa	Predicted RBP	7.69	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SLPI	P03973	132 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CNBP	P62633	177 aa	Known RBP	7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	COTL1	Q14019	142 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TWIST1	Q15672	202 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	7.68	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		7.67	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	AMT	P48728	403 aa		7.67	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	7.67	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	hCG_2014768	A0A024R1R8	64 aa		7.66	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464		J3QL48	77 aa		7.66	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	7.66	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	BLOC1S1	P78537	153 aa		7.66	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CLRN3	Q8NCR9	226 aa		7.66	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	7.65	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CT83	Q5H943	113 aa		7.65	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	C15orf56	Q8N910	161 aa		7.65	□□□□□ -1.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	7.64	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GAS8-AS1	O95177	125 aa		7.64	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2D-29	A0A075B6S2	120 aa	Predicted RBP	7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	hDV102S1	A0JD36	115 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2-29	A2NJV5	120 aa	Predicted RBP	7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM231B	A6NCW3	169 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MWL6	223 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2L6	O14933	153 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	NCR2	O95944	276 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01551	Q86U37	167 aa		7.63	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE12H	A6NDE8	117 aa		7.62	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF185	Q96GF1	192 aa		7.62	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM210A	Q96ND0	272 aa		7.62	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		H7C423	109 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	OXT	P01178	125 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TSHB	P01222	138 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FGF6	P10767	208 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ESD	P10768	282 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CEBPG	P53567	150 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX261	Q6UWH6	196 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TSKU	Q8WUA8	353 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		7.61	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV3-64	A0A075B6Q5	118 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HIGD1C	A8MV81	97 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	APCS	P02743	223 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CHTF8	P0CG12	524 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXI1	Q12951	378 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CHCHD10	Q8WYQ3	142 aa	Predicted RBP	7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	OSTC	Q9NRP0	149 aa		7.6	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GUT8	65 aa		7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GVG6	124 aa		7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB4A	P20338	218 aa		7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		V9GYV3	84 aa		7.59	□□□□□ -1.19
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WYN8	130 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	GVQW2	A0A096LPI5	108 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464		I3L3M4	83 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF25	P17030	456 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5A1	Q8NGJ0	315 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	AP5S1	Q9NUS5	200 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		7.58	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF727	A8MUV8	499 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464		C9JQL5	133 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	PMCH	P20382	165 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	AMN1	Q8IY45	258 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	ISOC2	Q96AB3	205 aa		7.57	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00959	A0A1B0GUT2	108 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	SMKR1	H3BMG3	65 aa		7.56	□□□□□ -1.2
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1HL1	P0DM35	61 aa		7.56	□□□□□ -1.2

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