RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	SMPX	Q9UHP9	88 aa		6.54	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	RNF24	Q9Y225	148 aa		6.54	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		6.54	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	CBY3	A6NI87	242 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	TMEM50A	O95807	157 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	CCL20	P78556	96 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	BSX	Q3C1V8	233 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	LYZL2	Q7Z4W2	148 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	OR4D5	Q8NGN0	318 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	CMTM2	Q8TAZ6	248 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	RCHY1	Q96PM5	261 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	ASCL2	Q99929	193 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	CHRDL1	Q9BU40	450 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	RHPN1-AS1	Q9BWJ2	59 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	C19orf73	Q9NVV2	129 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	LOC102724200	A0A096LPH7	203 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	TRAV2	A0A0B4J234	112 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	ADM	P35318	185 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	TAS2R30	P59541	319 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	YPEL3	P61236	119 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	SAMD13	Q5VXD3	122 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285		Q8N1Y9	231 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	GGTLC1	Q9BX51	225 aa		6.53	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285		A0A0G2JRQ6	117 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ZNF785	A8K8V0	405 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	C3orf84	H3BNL1	204 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SYNGR2	O43760	224 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CTRL	P40313	264 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	BATF	Q16520	125 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	PSG3	Q16557	428 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RNF151	Q2KHN1	245 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRM9	215 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	PXMP4	Q9Y6I8	212 aa		6.52	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IZUMO1R	A6ND01	250 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ZFP92	A6NM28	416 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CHEK1	O14757	476 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SERF2	P84101	59 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SBSPON	Q8IVN8	264 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	STPG3	Q8N7X2	389 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TMEM37	Q8WXS4	190 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CDIP1	Q9H305	208 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CST9L	Q9H4G1	147 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RABAC1	Q9UI14	185 aa		6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RCL1	Q9Y2P8	373 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285		F8W735	103 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ZNF207	O43670	478 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	NXPH3	O95157	252 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	NKX2-1	P43699	371 aa	Predicted RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTSL5	Q6ZMM2	481 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TMEM217	Q8N7C4	229 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DL5B	Q8NHK3	375 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RAB40C	Q96S21	281 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ATP5S	Q99766	215 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ZNF586	Q9NXT0	402 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	GNG13	Q9P2W3	67 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IFNA5	P01569	189 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-48	P01763	117 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CD7	P09564	240 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IGLC2	P0DOY2	106 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IGLC3	P0DOY3	106 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TFPI2	P48307	235 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285		Q0VG73	95 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ADIRF	Q15847	76 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	PRR27	Q6MZM9	219 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TMEM144	Q7Z5S9	345 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	DEFB125	Q8N687	156 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	STPG4	Q8N801	248 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	NPIPB3	Q92617	1050 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	PAM16	Q9Y3D7	125 aa		6.5	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GV50	99 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IL4	P05112	153 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IGLC1	P0CG04	106 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	CRYBB3	P26998	211 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	PMCHL1	Q16048	86 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TIGIT	Q495A1	244 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	COX19	Q49B96	90 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZWC4	215 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TMEM252	Q8N6L7	170 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	FNDC4	Q9H6D8	234 aa	Predicted RBP	6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	VSIR	Q9H7M9	311 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		6.49	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3OR16-8	A0A075B7F1	116 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	IAPP	P10997	89 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	ID1	P41134	155 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	FGF8	P55075	233 aa	Predicted RBP	6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	RAB31	Q13636	194 aa		6.48	□□□□□ -1.37
USP3-208	ENST00000558285	SPATA45	Q537H7	98 aa		6.48	□□□□□ -1.37

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 127.1 ms